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      • 5. Recursos do Cluster
      • 6. Próximos Passos

Início

  • Apresentação
    • Sobre o GridUnesp
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    • Contribuições
  • Política de Uso
    • Preâmbulo
    • Objetivos
    • Responsabilidades do Usuário
      • Conta e Acesso
      • Uso Aceitável dos Recursos
      • Uso Justo (Fair Use)
    • Atividades Proibidas
    • Política de Citação
    • Backup e Responsabilidade sobre Dados
      • Política de Backup
      • Recomendações:
    • Proteção de Dados (LGPD)
    • Responsabilidade sobre Software
    • Cooperação
    • Obrigação de Reportar Incidentes
      • Confidencialidade
    • Privacidade e Monitoramento
      • Política de Privacidade
      • Monitoramento de Atividades
    • Sanções e Penalidades
    • Disposições Finais
      • Vigência
      • Atualização da Política
      • Aceitação
      • Dúvidas e Esclarecimentos
    • Termo de Ciência
  • Segurança
    • Troca de Senha
      • Importância da Senha Segura
      • Como Trocar a Senha
    • Bloqueio de Usuário (Fail2Ban)
      • O que é o Fail2Ban?
      • Identificando um Bloqueio
    • Notificação de Segurança
      • Obrigação de Reportar
      • Confidencialidade
    • Política de Privacidade
      • Dados dos Usuários
    • Boas Práticas de Segurança
      • Proteção da Conta
      • Segurança no Acesso Remoto
      • Phishing e Engenharia Social
    • Monitoramento de Atividades
      • Jobs Suspeitos
      • Acessos Recentes
    • Segurança Física
    • Conformidade com a Política de Uso

Primeiros Passos

  • Cadastro
    • Projetos Cadastrados
    • Cadastro de Novos Projetos
    • Cadastro de Novos Usuários
      • Quem Pode Solicitar
      • Procedimento de Cadastro
      • Fluxo de Aprovação
    • Política de Citação
      • Modelos de Agradecimento
  • Acessando o Cluster
    • Acesso via Linux/Unix/MacOS
    • Acesso via Microsoft Windows
      • Configuração do PuTTY
      • Configuração do WinSCP
    • Confirmação de Segurança
      • Primeiro Acesso
      • Mudança de Chave do Servidor
    • Solução de Problemas de Acesso
      • Conexão Recusada
      • Permissão Negada
  • Transferindo Arquivos
    • Transferindo para o GridUnesp
      • Linux/Unix/MacOS (linha de comando)
      • Windows (WinSCP)
    • Transferindo do GridUnesp
      • Linux/Unix/MacOS (linha de comando)
      • Windows (WinSCP)
    • Cuidados com os Dados
    • Resumo de Comandos

Manual do Usuário

  • Manual do Usuário
    • Visão Geral dos Capítulos
    • Fluxo de Trabalho Típico
    • Onde Encontrar Ajuda
    • Exemplos Práticos
    • Próximos Passos
  • Instalando Aplicações
    • Opções de Instalação
    • Instalação via Módulos (Já Instalados)
      • Listando Módulos Disponíveis
      • Carregando um Módulo
      • Verificando Módulos Carregados
      • Descarregando um Módulo
    • Instalação Local no /home/
      • Usando –prefix (configure/make)
    • Instalação via Conda
      • Criando um Ambiente
      • Instalando Pacotes
      • Listando Ambientes e Pacotes
      • Usando em Scripts de Submissão
    • Instalação via Apptainer (Containers)
      • Criando uma Imagem
      • Executando um Container
    • Solicitando Instalação Global
    • Resumo dos Comandos
  • Processando Simulações
    • Fluxo de Trabalho Básico
    • Primeiro Job: Exemplo Simples
    • Monitorando Jobs
      • Comando squeue
      • Comando scontrol
      • Comando scancel
    • Sistema de Filas (Partições)
    • Sistemas de Arquivos
    • Resumo dos Comandos Básicos
  • Melhorando o Script de Submissão
    • Opções do SBATCH
    • Script job-nanny
      • Por que usar job-nanny?
      • Variáveis Obrigatórias
      • Variáveis Opcionais
      • Exemplos de Uso do job-nanny
    • Escolha Entre /tmp/ e /store/
    • Sistema de Filas (Detalhado)
    • Informações sobre o Storage (Detalhado)
      • Partição /tmp/
      • Partição /store/
    • Considerações Importantes
  • Política de Prioridade
    • Conceito de Fair Share
    • Visualizando o Fair Share
      • Comando sshare
      • Filtrando a Visualização
    • Como a Prioridade Afeta os Jobs
      • Listando Jobs em Ordem de Prioridade
    • Fatores que Influenciam a Prioridade
    • Dicas para Melhorar sua Prioridade
    • Entendendo a Meia-Vida de 14 Dias
    • Exemplo Prático
    • Resumo dos Comandos
  • Otimizando o Desempenho
    • Por Que Otimizar?
    • Fatores a Considerar
    • Exemplo Prático de Otimização
      • Teste 1: 24 processos em 12 nós (1 CPU por processo)
      • Teste 2: 24 processos em 8 nós (1 CPU por processo)
      • Teste 3: 24 processos em 12 nós (2 CPUs por processo)
      • Teste 4: 24 processos em 1 nó (2 CPUs por processo)
      • Tabela Comparativa
    • Estratégias de Otimização
    • HTC: “Quebrando” Grandes Inputs (HTC)
    • Trade-offs entre /tmp/ e /store/
    • Checklist de Otimização
  • Memória Compartilhada
    • Conceitos Básicos
    • OpenMP
      • Exemplo em C
      • Compilando
    • Script de Submissão
    • Variáveis Importantes
    • Limitações
    • Quando Usar Memória Compartilhada
    • Exemplo Prático: Produto Matricial
    • Dicas de Otimização
  • Memória Distribuída
    • Conceitos Básicos
    • MPI
      • Exemplo em C
      • Compilando
    • Script de Submissão
    • Distribuição de Processos
      • Opção 1: Especificar número total de processos
      • Opção 2: Especificar processos por nó
      • Opção 3: Especificar mínimo e máximo de nós
    • Comunicação entre Processos
      • Exemplo: Soma Distribuída
    • Híbrido: MPI + OpenMP
    • Quando Usar Memória Distribuída
    • Escalabilidade
      • Lei de Amdahl
      • Testando Escalabilidade
    • Problemas Comuns
    • Dicas de Otimização
  • Job Array
    • Conceito
    • Quando Usar Job Array
    • Sintaxe Básica
    • Formatos de Array
    • Exemplos Práticos
      • Exemplo 1: Processamento de Múltiplos Arquivos
      • Exemplo 2: Varredura de Parâmetros
      • Exemplo 3: Job Array com Limite de Simultâneos
      • Exemplo 4: Job Array com Dependências
    • Variáveis de Ambiente
    • Monitoramento de Job Arrays
      • Ver todos os jobs do array
      • Cancelar um job array
      • Ver detalhes de uma tarefa
    • Limitações
    • Boas Práticas
    • Comparação: Job Array vs Jobs Individuais
  • Uso de GPUs
    • Infraestrutura de GPU
    • Partição GPU
    • Script Básico para GPU
    • Exemplo com PyTorch
      • Criação do ambiente Conda
      • Código Python de exemplo
      • Script de submissão para PyTorch
    • Exemplo com TensorFlow
      • Criação do ambiente
      • Código Python
      • Script de submissão
    • Exemplo com CUDA (C/C++)
      • Código CUDA simples
      • Compilação e execução
    • Monitoramento de GPUs
    • Otimização para GPU
    • Problemas Comuns
  • Containers
    • Por que Usar Containers?
    • Apptainer vs Docker
    • Conceitos Básicos
    • Obtendo Imagens
      • Método 1: Pull do Docker Hub
      • Método 2: Construir a partir de definição
    • Executando Containers
    • Compartilhando Arquivos
    • Containers com GPU
    • Containers com MPI
    • Containers para Aplicações Específicas
      • Exemplo: GROMACS em container
      • Exemplo: Python com bibliotecas específicas
    • Boas Práticas com Containers
    • Solução de Problemas
  • Aplicações Instaladas
    • Sistema de Módulos
    • Lista de Aplicações por Categoria
      • Bibliotecas, Compiladores e Linguagens
      • Bioinformática
      • Química Computacional e Materiais
      • Física e Engenharia
      • Geociências
      • Ambientes e Ferramentas
      • Outras Aplicações
    • Exemplos Rápidos de Uso
      • Exemplo 1: GROMACS (Dinâmica Molecular)
      • Exemplo 2: Quantum ESPRESSO
      • Exemplo 3: Python com pacotes científicos
      • Exemplo 4: R para análise estatística
      • Exemplo 5: MATLAB
      • Exemplo 6: VASP
    • Solicitando Novas Aplicações
    • Aplicações Científicas Instaladas e Exemplos Mais Completos
      • Amber
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com MPI
        • Submissão de Jobs com GPU
        • Submissão de Jobs MPI + GPU
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Referências
      • Anaconda
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Comandos Básicos
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com OpenMP
        • Submissão de Jobs com MPI
        • Exemplo de Script Python com MPI
        • Criando Ambiente com Pacotes Específicos
        • Usando em Scripts de Submissão
        • Referências
      • ANSYS
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Componentes
        • Configuração de Ambiente
        • Submissão de Jobs com ANSYS Fluent (MPI)
        • Exemplo de Journal File para Fluent
        • Submissão de Jobs com ANSYS Mechanical (APDL)
        • Exemplo de Arquivo de Entrada APDL
        • Submissão de Jobs com CFX
        • Referências
      • BEAST
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs com BEAST 1.x
        • Submissão de Jobs com BEAST 2
        • Submissão de Jobs com BEAGLE (aceleração)
        • Job Array para Múltiplas Execuções
        • Arquivo de Exemplo (XML)
        • Ferramentas de Análise
        • Referências
      • Bowtie2
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs
        • Alinhamento Paired-end
        • Processamento com Script
        • Opções Importantes
        • Referências
      • BUSCO
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs
        • Modos de Execução
        • Modo Transcriptome
        • Bancos de Dados Disponíveis
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • CCDC
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Componentes
        • Submissão de Jobs com GOLD
        • Exemplo de Arquivo de Configuração GOLD
        • Submissão de Jobs com GOLD (MPI)
        • Processamento em Lote de Múltiplos Ligantes
        • Acesso ao CSD (Cambridge Structural Database)
        • Análise com Mercury (modo texto)
        • Preparação com Hermes
        • Mapeamento com SuperStar
        • Referências
      • Charmm
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs em Paralelo
        • Submissão de Jobs com GPU
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Job Array para Múltiplas Simulações
        • Referências
      • ClustalW
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Opções Importantes
        • Alinhamento com Parâmetros Específicos
        • ClustalW com Perfis
        • Job Array para Múltiplos Alinhamentos
        • Referências
      • CP2K
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Submissão de Jobs com OpenMP
        • Submissão de Jobs Híbridos (MPI+OpenMP)
        • Submissão de Jobs com GPU (versão 2026.1.gpu)
        • Submissão de Jobs com Múltiplas GPUs
        • Submissão de Jobs Híbridos (MPI + GPU)
        • Variáveis de Ambiente
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Exemplo de Arquivo de Entrada com Configuração GPU
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Job Array para Varredura de Parâmetros com GPU
        • Otimização de Desempenho com GPU
        • Comparativo de Desempenho
        • Referências
      • Crystal
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        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Submissão de Jobs MPI com Múltiplos Nós
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Job Array para Múltiplos Sistemas
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • CUDA
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Configuração de Ambiente
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        • Exemplo de Código CUDA
        • Submissão de Jobs CUDA
        • Multi-GPU
        • Informações sobre GPUs
        • Compilando com Múltiplas Arquiteturas
        • Usando CUDA com Python (CuPy)
        • Exemplo com CuPy
        • Depuração e Perfilamento
        • Referências
      • DFTB+
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada (HSD)
        • Job Array para Múltiplas Geometrias
        • Referências
      • DIRAC
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs SMP (OpenMP)
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Arquivo de Coordenadas (XYZ)
        • Job Array para Múltiplas Moléculas
        • Referências
      • ESPResSo
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Script Tcl
        • Simulação com LB (Lattice Boltzmann)
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Referências
      • ExaBayes
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs MPI
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Exemplo de Arquivo de Configuração
        • Arquivo de Alinhamento (PHYLIP)
        • Opções Importantes
        • Job Array para Múltiplas Execuções
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Exciting
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs MPI
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Exemplo de Arquivo de Entrada XML
        • Cálculo de Propriedades Específicas
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Referências
      • fastStructure
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Análise para Múltiplos K
        • Job Array para Diferentes Valores de K
        • Escolhendo o Melhor K
        • Formato dos Dados de Entrada
        • Visualização dos Resultados
        • Referências
      • Foam-Extend
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs Paralelos
        • Exemplo de Caso: Cavidade
        • Submissão de Jobs com GPU
        • Job Array para Múltiplos Casos
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • g_mmpbsa
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Exemplo de Arquivo MDP
        • Índice para Decomposição
        • Análise de Decomposição por Resíduo
        • Job Array para Diferentes Temperaturas
        • Processamento com Múltiplas Trajetórias
        • Análise Estatística
        • Referências
      • GAMESS
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Job Array para Múltiplas Moléculas
        • Otimização de Geometria
        • Cálculo de Frequências
        • Referências
      • GAMIT
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Script de Execução (run.sh)
        • Job Array para Múltiplos Períodos
        • Processamento em Lote
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Gaussian
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs SMP (OpenMP)
        • Submissão de Jobs Linda (Paralelo Distribuído)
        • Exemplo de Arquivo de Entrada (.com)
        • Cálculo de Propriedades Específicas
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Cálculo de Estados Excitados (TD-DFT)
        • Referências
      • GCC
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando Módulos
        • Compilação Básica
        • Compilação com OpenMP
        • Compilação com MPI
        • Compilação com Bibliotecas Externas
        • Flags de Otimização Comuns
        • Job para Compilar e Executar
        • Job Array para Testar Diferentes Flags
        • Referências
      • GROMACS
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com OpenMP
        • Submissão de Jobs MPI
        • Submissão de Jobs Híbridos (MPI+OpenMP)
        • Submissão de Jobs com GPU
        • Arquivos de Parâmetros MDP
        • Job Array para Múltiplas Simulações
        • Análise de Trajetórias
        • Referências
      • HMMER
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com OpenMP
        • Principais Comandos HMMER
        • Exemplo Completo: Análise de Domínios
        • Alinhamento com HMM
        • Construção de Perfil a partir de Alinhamento
        • Job Array para Múltiplas Buscas
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Intel
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Componentes
        • Carregando Módulos
        • Compilação com Intel Compilers
        • Compilação com OpenMP
        • Compilação com Intel MPI
        • Execução com Intel MPI
        • Uso do Intel MKL
        • OneAPI (Versão Moderna)
        • Flags de Otimização Intel
        • Job Array para Testar Diferentes Flags
        • Referências
      • Kraken2
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com Múltiplas Threads
        • Classificação Paired-end
        • Construção de Banco de Dados
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Filtragem e Pós-processamento
        • Análise Visual com Krona
        • Referências
      • LAMMPS
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Exemplo de Input para ReaxFF
        • Job Array para Varredura de Temperatura
        • Cálculo de Propriedades
        • Referências
      • Mathematica
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com MathKernel
        • Submissão de Jobs com Paralelismo
        • Exemplo de Script Mathematica
        • Job Array para Múltiplos Parâmetros
        • Processamento de Dados em Lote
        • Visualização de Dados
        • Referências
      • MATLAB
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com Arquivo .m
        • Submissão de Jobs com Paralelismo (Parallel Computing Toolbox)
        • Exemplo de Script MATLAB
        • Processamento de Imagens com Parallel Computing Toolbox
        • Job Array para Múltiplos Parâmetros
        • Utilizando Toolboxes Específicas
        • Compilação de Aplicações MATLAB
        • Execução de Aplicação Compilada
        • Referências
      • MFannot
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Arquivos de Entrada Necessários
        • Submissão de Jobs
        • Anotação com Diferentes Códigos Genéticos
        • Anotação com Busca por Similaridade
        • Job Array para Múltiplas Sequências
        • Interpretação dos Resultados
        • Pós-processamento com Python
        • Visualização de Resultados
        • Referências
      • Miniconda
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Comandos Básicos do Conda
        • Submissão de Jobs com Ambiente Conda
        • Criando Ambiente com Pacotes Específicos
        • Ambiente para Machine Learning
        • Job Array com Ambientes Diferentes
        • Gerenciando Múltiplos Ambientes
        • Ambiente com Suporte a GPU
        • Referências
      • MOPAC
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com OpenMP
        • Exemplo de Arquivo de Entrada (.mop)
        • Principais Palavras-chave MOPAC
        • Cálculo de Propriedades Termodinâmicas
        • Job Array para Varredura Conformacional
        • Cálculo de Orbitais Moleculares
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • NAMD
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Submissão de Jobs Seriais (Multicore)
        • Submissão de Jobs MPI (TCP)
        • Submissão de Jobs Híbridos (SMP + TCP)
        • Exemplo de Arquivo de Configuração NAMD
        • Minimização de Energia
        • Equilibração com Restrições
        • Job Array para Múltiplas Temperaturas
        • Análise de Trajetórias com VMD
        • Referências
      • NetCDF
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando Módulos
        • Compilação com NetCDF
        • Exemplo de Código C
        • Exemplo de Código Fortran
        • Script para Processamento em Lote
        • Ferramentas de Linha de Comando
        • Job Array para Processamento Paralelo
        • Referências
      • OpenFOAM
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs Paralelos
        • Exemplo: Caso Cavidade (icoFoam)
        • Arquivos de Configuração do Caso
        • Job Array para Múltiplos Casos
        • Pós-processamento
        • Referências
      • OpenMPI
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Compilação com OpenMPI
        • Exemplo de Código MPI (C)
        • Exemplo de Código MPI (Fortran)
        • Submissão de Jobs MPI
        • Comunicação Coletiva (Exemplo)
        • MPI + OpenMP (Híbrido)
        • Job Array para Testes de Escalabilidade
        • Referências
      • ORCA
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs Paralelos (OpenMP)
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Cálculo DFT com Otimização
        • Cálculo de Propriedades (NMR, TD-DFT)
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • PartitionFinder
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Exemplo de Arquivo de Configuração
        • Job Array para Múltiplos Alinhamentos
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • PFinderUCE-SWSC-EN
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Job Array para Múltiplos Alinhamentos
        • Formato do Arquivo de Entrada (NEXUS)
        • Processamento com PartitionFinder
        • Referências
      • Phyluce
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Exemplo de Arquivo de Configuração
        • Pipeline Completo de Análise de UCEs
        • Job Array para Processamento Paralelo
        • Ferramentas de Pós-processamento
        • Referências
      • PLUMED
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs com PLUMED + GROMACS
        • Submissão de Jobs com PLUMED + NAMD
        • Exemplo de Arquivo PLUMED
        • Metadinâmica com Reconstrução de Energia Livre
        • Umbrella Sampling
        • Análise de WHAM
        • Referências
      • Quantum ESPRESSO
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada (SCF)
        • Cálculo de Bandas
        • Cálculo de Propriedades Vibracionais
        • Otimização de Geometria
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Referências
      • quest-qmc
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Arquivo de Geometria
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • R
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs com Paralelismo
        • Exemplo de Script R
        • Exemplo com Paralelismo
        • Job Array para Múltiplas Análises
        • Instalação de Pacotes
        • Bioconductor
        • Referências
      • RAxML
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Submissão de Jobs com Bootstrap
        • Exemplo de Arquivo de Entrada (PHYLIP)
        • Principais Opções
        • Análise Rápida com Bootstrap
        • Job Array para Múltiplos Genes
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • RAxML-NG
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Busca pela Melhor Árvore
        • Bootstrap
        • Análise Completa (Busca + Bootstrap)
        • Modelos Disponíveis
        • Job Array para Múltiplos Alinhamentos
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • RNXCMP
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Processamento em Lote
        • Descompressão
        • Job Array para Múltiplos Arquivos
        • Verificação de Integridade
        • Referências
      • ROOT
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Exemplo de Script ROOT (C++)
        • Script ROOT com Python (PyROOT)
        • Processamento em Lote
        • Job Array para Simulações
        • Análise RDataFrame
        • Referências
      • RSEM
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Preparação do Índice
        • Quantificação de Amostra Única
        • Processamento em Lote com Script
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Análise com EBSeq
        • Extração de Resultados
        • Referências
      • Salmon
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Indexação do Transcriptoma
        • Quantificação (modo mapping-based)
        • Quantificação com Single-end
        • Processamento em Lote com Script
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Detecção de Tipo de Biblioteca
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Siesta
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada (FDF)
        • Otimização de Geometria
        • Cálculo de Bandas
        • Density of States
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • SPAdes
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Montagem Básica
        • Montagem com Cuidado (Careful)
        • Montagem com Múltiplas Bibliotecas
        • Montagem Single-end
        • Montagem com Isolamento (Meta)
        • Montagem com RNA-seq (rnaSPAdes)
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Stacks
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Pipeline Básico com Stacks
        • Processamento com Script
        • Arquivo de População (popmap)
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Análise de Populações
        • Filtragem de SNPs
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Structure
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Job Array para Múltiplos Valores de K
        • Múltiplas Execuções para Cada K
        • Arquivo de Entrada (mainparams)
        • Arquivo de Entrada (extraparams)
        • Arquivo de Dados
        • Análise de Resultados
        • Plot de Q-matrices
        • Referências
      • SU2
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Configuração
        • Otimização de Forma
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • SWAN
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs OpenMP
        • Submissão de Jobs MPI
        • Exemplo de Arquivo de Entrada
        • Arquivo de Batimetria
        • Arquivo de Pontos de Saída
        • Arquivo de Espectro de Entrada
        • Job Array para Múltiplas Simulações
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • Tesseract
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Conversão de PDF para Imagem
        • Submissão de Jobs Básica
        • Processamento em Lote de Imagens
        • Job Array para Múltiplas Imagens
        • Múltiplos Idiomas
        • Configurações Avançadas
        • Processamento de PDF com Leptonica
        • Ferramentas Leptonica Disponíveis
        • Exemplo de Conversão com Leptonica
        • Referências
      • TrimGalore
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Job Array para Paired-end (Múltiplas Amostras)
        • Principais Opções e Funcionalidades
        • Arquivos de Saída
        • Dicas de Otimização
        • Referências
      • Trinity
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Montagem Básica
        • Montagem Strand-specific
        • Montagem Single-end
        • Montagem com Múltiplas Amostras
        • Incluir reads não pareadas
        • Quantificação de Abundância
        • Análise de Expressão Diferencial
        • Job Array para Múltiplas Amostras
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • VASP
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Submissão de Jobs Seriais
        • Submissão de Jobs MPI
        • Arquivos de Entrada
        • Otimização de Geometria
        • Cálculo de Bandas
        • Densidade de Estados (DOS)
        • Job Array para Varredura de Parâmetros
        • Análise de Resultados
        • Referências
      • VCFtools
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Filtragem Básica
        • Filtragem por Profundidade
        • Filtragem por População
        • Cálculo de Estatísticas
        • Conversão de Formatos
        • Job Array para Múltiplos Cromossomos
        • Análise de PCA
        • Referências
      • Weka
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Classificação
        • Regressão
        • Clustering
        • Validação Cruzada
        • Seleção de Atributos
        • Job Array para Múltiplos Algoritmos
        • Otimização de Hiperparâmetros
        • Análise de Resultados
        • Comandos Úteis
        • Referências
      • xtb
        • Descrição
        • Versões Disponíveis
        • Carregando o Módulo
        • Cálculo de Energia Simples
        • Otimização de Geometria
        • Cálculo de Frequências
        • MD Simples (meta-dynamics)
        • Constantes de Tela (Solvente)
        • Propriedades Eletrônicas
        • Varredura de Coordenada (Scan)
        • Job Array para Múltiplas Moléculas
        • Análise de Resultados
        • Referências
  • Usando o job-nanny
    • Por Que Usar o job-nanny?
    • Como Funciona
      • Fluxo de Trabalho
    • Variáveis Obrigatórias
      • INPUT
      • OUTPUT
    • Variáveis Opcionais
    • Escolha Entre /tmp/ e /store/
    • Exemplos de Uso
      • Exemplo 1: Job Serial Simples
      • Exemplo 2: Job com Múltiplos Arquivos
      • Exemplo 3: Job com Arquivos Grandes
      • Exemplo 4: Job MPI (Múltiplos Nós)
      • Exemplo 5: Job com Checkpoints Frequentes
      • Exemplo 6: Job com Debug
    • Arquivo de Log do job-nanny
    • Erros Comuns e Soluções
      • Erro: “INPUT is missing”
      • Erro: “OUTPUT is missing”
      • Erro: “No space left on device”
      • Arquivos OUTPUT Não Aparecem em /home/
      • Erro: “Permission denied” no /store/
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    • Como Funcionam as Chaves SSH
    • Gerando um Par de Chaves SSH
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Recursos e Suporte

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      • Política de Backup
      • Gerenciamento de Espaço em Disco
    • Processamento no Servidor Access
    • Resumo de Boas Práticas
  • Perguntas Frequentes
    • Acesso ao GridUnesp
      • 1) Como obter ajuda para utilizar o GridUnesp?
      • 2) Como faço login no GridUnesp?
      • 3) Não lembro minha senha. Como resetar?
      • 4) “The authenticity of host… can’t be established” - O que significa?
      • 5) “WARNING: POSSIBLE DNS SPOOFING DETECTED!” - O que fazer?
      • 6) Por que não consigo fazer login?
      • 7) Estava conectado e o terminal travou. Por quê?
      • 8) Não sei o que fazer depois de acessar. Pode me ajudar?
      • 9) Posso acessar o GridUnesp via browser?
    • Transferência de Arquivos
      • 10) Como transfiro arquivos para minha conta?
      • 11) Como transfiro arquivos do GridUnesp para meu computador?
    • Instalação de Programas
      • 12) Não tenho permissão de administrador. Como instalar software?
      • 13) Como faço para instalar um software específico?
    • Processamento de Jobs
      • 14) Posso processar jobs no /home?
      • 15) Como executar jobs no GridUnesp?
      • 16) Como criar um script de submissão?
    • Monitoramento de Jobs
      • 17) Por quanto tempo meu job pode processar?
      • 18) Quantas partições existem?
      • 19) Como sei que meu job começou a processar?
      • 20) Por que meu job demora para começar?
      • 21) Existe previsão para meu job começar?
      • 22) Por que outros usuários têm muitos jobs e eu não?
    • Falhas no Processamento
      • 23) Meu job foi cancelado por TIMEOUT. O que significa?
      • 24) Meu job foi cancelado por falta de INPUT. O que significa?
      • 25) Meu job foi cancelado por falta de OUTPUT. O que significa?
      • 26) Por que meu job falhou?
    • Otimização de Jobs
      • 27) Como acelerar o processamento do meu job?
      • 28) Quantas CPUs posso solicitar?
      • 29) Tem GPU no GridUnesp?
      • 30) Como usar várias CPUs em um job?
      • 31) Como processar jobs em paralelo?
      • 32) Como usar MPI?
      • 33) Como especificar número de nós?
      • 34) Posso submeter vários jobs de uma vez?
      • 35) Por que meu job é mais rápido em 1 nó do que em vários?
      • 36) O GridUnesp usa InfiniBand ou Ethernet?
    • Boas Práticas
      • 37) Meus arquivos são muito grandes. Há problema?
      • 38) Como usar /store/ em vez de /tmp/?
      • 39) Como usar /tmp/ em vez de /store/?
      • 40) Posso deixar arquivos guardados no GridUnesp?
      • 41) Como apagar arquivos da minha conta?
      • 42) Como contribuir para o bom funcionamento do cluster?
    • Outras Dúvidas
      • 43) O GridUnesp usa Ubuntu?
      • 44) Qual é o sistema operacional?
      • 45) Posso usar programas interativos?
      • 46) Como abrir aplicações visuais?
      • 47) Posso ter videoconferência com o suporte?
  • Solução de Problemas
    • Problemas de Acesso
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      • Job com Erro de Biblioteca
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    • Problemas de Armazenamento
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Informações Adicionais

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      • Mapa de Conexões
      • Conexões por Campus da Unesp
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    • 2008 - Anúncio da Infraestrutura
    • 2009 - Início de Operações
    • 2010 - Expansão e Divulgação
    • 2011 - Crescimento Acelerado
    • 2012 - Reconhecimento Internacional
    • 2013 - Consolidação e Novos Serviços
    • 2014 - Acessibilidade
    • 2015 - Marcas Expressivas
    • 2016 - Upgrade e Conquistas Científicas
    • 2017 - Conclusão do Upgrade
    • 2018 - Ampliação e Estatísticas
    • 2019 - Divulgação Científica
    • 2020 - Pandemia e Demanda Acelerada
    • 2021 - Continuidade Remota
    • 2022 - Retorno e Consolidação
    • 2023-2024 - Expansão Contínua
    • 2025 - Novos Marcos
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