Bowtie2

Descrição

De acordo com a página do Bowtie2, Bowtie2 é uma ferramenta ultrafast e eficiente em memória para alinhamento de reads de sequenciamento a sequências de referência longas. É particularmente eficiente para reads de 50 a 1000 caracteres e para genomas grandes (como mamíferos).

Versões Disponíveis

  • bowtie2/2.3.5.1

Submissão de Jobs

submit_bowtie2.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J bowtie2
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 8
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --mem=16G

export INPUT="reference.fa reads.fq"
export OUTPUT="aligned.sam"

module load bowtie2/2.3.5.1

# Construir índice
bowtie2-build reference.fa reference_index

# Alinhar reads
job-nanny bowtie2 -x reference_index -U reads.fq -S aligned.sam -p $SLURM_CPUS_PER_TASK

Alinhamento Paired-end

submit_bowtie2_paired.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J bowtie2_paired
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 8
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --mem=16G

export INPUT="reference.fa reads_1.fq reads_2.fq"
export OUTPUT="aligned.sam"

module load bowtie2/2.3.5.1

# Construir índice
bowtie2-build reference.fa reference_index

# Alinhar reads paired-end
job-nanny bowtie2 -x reference_index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -S aligned.sam -p $SLURM_CPUS_PER_TASK

Processamento com Script

run_bowtie2.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J bowtie2_script
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 8
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --mem=16G

export INPUT="reference.fa reads/ run.sh"
export OUTPUT="results/"

module load bowtie2/2.3.5.1
job-nanny ./run.sh
run.sh
#!/bin/bash

echo "====================[ Criando índice ]===================="
bowtie2-build reference/lambda_virus.fa lambda_virus

echo "====================[ Alinhando ]===================="
bowtie2 -x lambda_virus -U reads/reads_1.fq -S eg1.sam -p 8

echo "====================[ Processando SAM ]===================="
samtools view -bS eg1.sam > eg1.bam
samtools sort eg1.bam -o eg1.sorted.bam
samtools index eg1.sorted.bam

mkdir -p results
mv eg1.* results/

Opções Importantes

Opções do Bowtie2

Opção

Descrição

-x <bt2-idx>

Índice da referência (prefixo)

-1 <m1>

Arquivos paired-end 1

-2 <m2>

Arquivos paired-end 2

-U <r>

Arquivos single-end

-S <sam>

Arquivo de saída SAM

-p <int>

Número de threads

--very-sensitive

Modo mais sensível (mais lento)

--fast

Modo mais rápido (menos sensível)

-q

Input é FASTQ

-f

Input é FASTA

Referências

Ver também