Aplicações Instaladas

O GridUnesp possui dezenas de aplicações científicas pré-instaladas e disponíveis através do sistema de módulos. Esta seção lista as principais aplicações e fornece exemplos de uso.

Nota

Para ver a lista completa e atualizada de módulos disponíveis:

module avail

A lista pode ser extensa. Use grep para filtrar:

module avail | grep -i conda
module avail | grep -i gromacs

Ou simplesmente:

module avail conda
module avail gromacs

Sistema de Módulos

O GridUnesp utiliza o Lmod para gerenciamento de módulos. Comandos básicos:

Comandos para módulos

Comando

Descrição

module avail

Listar todos os módulos disponíveis

module load nome/versao

Carregar um módulo específico

module list

Ver módulos atualmente carregados

module unload nome

Descarregar um módulo

module purge

Descarregar todos os módulos

module show nome

Ver detalhes de um módulo (caminhos, dependências)

Lista de Aplicações por Categoria

Bibliotecas, Compiladores e Linguagens

Bibliotecas, compiladores e linguagens

Software

Versões Instaladas

Boost

1.64.0, 1.70.0

CMake

3.9.0, 3.20.0-rc3, 4.0.3

GCC

5.3.0, 7.2.0, 9.3.0, 10.2.0, 11.5.0, 13.2.0, 14.3.0, 15.1.0

GSL

2.6

Intel Compilers

2017, oneapi/2025.2

Intel MPI

2017

Java

1.8

MKL

2022.2.0

NetCDF

c/4.6.3, fortran/4.4.5

OpenMPI

2.1.1, 3.1.4, 4.0.1, 4.1.1, 4.1.5, 4.1.6, 4.1.8

Python

Via Conda (2.7, 3.6, 3.8, 3.9, 3.10, 3.11)

R

4.0.2

UDUNITS

2.2.26

Bioinformática

Aplicações de Bioinformática

Software

Versões Instaladas

BEAST

1.8.4, 1.10.4, 2.4.7

Bowtie2

2.3.5.1

BUSCO

5.5.0

ClustalW

2.1, clustalw-mpi/0.13

fastStructure

1.0

HMMER

3.1b2

Kraken2

2.1.3

MFannot

1.37

PFinderUCE-SWSC-EN

1.0.0

Phyluce

1.5.0

RAxML

8.2.11

RAxML-NG

1.0.3

RSEM

1.2.25

Salmon

0.14.0

SPAdes

3.15.5

Stacks

2.4

Structure

2.3.4

TrimGalore

2.2.0

Trinity

2.8.5, 2.15.1

VCFtools

0.1.16

Química Computacional e Materiais

Aplicações de Química e Materiais

Software

Versões Instaladas

Amber

20, 24

CHARMM

c26b2, c26b2-serial, c37b2, c37b2-serial

CP2K

2023.1

CRYSTAL

17_v1.0.2, 17_v1.0.2_v2

CUDA

12.4, 12.9

DFTB+

20.2.1

DIRAC

12.3-mpi, 12.3-serial, 12.3-smp

Exciting

carbon, neon-21

GAMESS

2018, 2020

Gaussian

09, 09.lsm

GROMACS

4.5.4, 4.5.4-sbm1.0, 5.1.4, 2016.3, 2018.2, 2025.2

LAMMPS

20170331, 20180316, 20200303, 20230802

MOPAC

17.162

NAMD

2.12, 2.12-tcp, 2.13-smp, 2.13-tcp

ORCA

4.0.1, 4.2.1, 5.0.3, 5.0.4, 6.0.0, 6.0.1, 6.1.0

PLUMED

2.7.1

Quantum ESPRESSO

6.1, 6.6, 7.2, 7.5/mpi, 7.5/serial

Siesta

4.0.2, 4.1-b3, 4.1.5.mpi, 4.1.5.serial, 5.2.0.mpi, 5.2.0.serial

VASP

6.4.3

xtb

6.6.1

Física e Engenharia

Aplicações de Física e Engenharia

Software

Versões Instaladas

ANSYS

2025R2/fluids, 2025R2/structures

ESPResSo

3.3.1

foam-extend

4.0, 4.1

OpenFOAM

4.1, 5.x, 7, 8, 1912, 2012, 2112

QUEST-QMC

1.4.9

ROOT

6.10.02

SU2

6.0.0, 6.2.0

SWAN

41.31-mpi, 41.31-omp, 41.31-serial

Geociências

Aplicações de Geociências

Software

Versões Instaladas

GAMIT

10.61, 10.70

GMT

5.4.3

RNXCMP

4.0.7

Ambientes e Ferramentas

Ambientes e ferramentas

Software

Versões Instaladas

Anaconda

2/5.1.0, 3/4.4.0

Miniconda

3, 3-2023-09, 24.4.0-libmamba, 25.x

Backmap

0.5

g_mmpbsa

gromacs-5.1

Grace

5.1.25

Tesseract

4.00.00alpha

Weka

3.8.2

Outras Aplicações

Outras aplicações

Software

Versões Instaladas

allpathslg

44837

beagle

2.1.2, 4.0.0

blobtoolkit

4.4.5

cln

1.3.4

eems

0.0.0

evigene

23jul15

fcs-gx

0.5.5

fhi

071914

gdal

2.4.1

ginac

1.7.2

glibc

2.29

gridunesp

1

migrate-n

5.0.6

platanus

1.2.4

sga

0.10.15

Exemplos Rápidos de Uso

Cada aplicação possui suas particularidades. Abaixo exemplos básicos para algumas aplicações comuns.

Exemplo 1: GROMACS (Dinâmica Molecular)

gromacs_example.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs_job
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH -t 24:00:00

export INPUT="topol.tpr"
export OUTPUT="resultado_gromacs/"

# Carregar módulos
module load gromacs/2025.2

# Executar MD
job-nanny mpirun -n 56 gmx_mpi mdrun -deffnm resultado -v

Exemplo 2: Quantum ESPRESSO

qe_example.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J qe_job
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH -t 48:00:00

export INPUT="si.scf.in"
export OUTPUT="si.scf.out"

module load quantum-espresso/7.2

job-nanny mpirun -n 56 pw.x -inp si.scf.in > si.scf.out

Exemplo 3: Python com pacotes científicos

python_example.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J python_job
#SBATCH -n 1
#SBATCH -t 02:00:00
#SBATCH --mem=8G

export INPUT="script.py dados.csv"
export OUTPUT="resultados/"

# Usar ambiente Conda personalizado
module load miniconda/24.4.0-libmamba
source activate meu_ambiente_python

job-nanny python script.py

Exemplo 4: R para análise estatística

r_example.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J r_job
#SBATCH -n 1
#SBATCH -t 01:00:00
#SBATCH --mem=4G

export INPUT="analise.R dados.csv"
export OUTPUT="resultados_R/"

module load R/4.0.2

job-nanny Rscript analise.R

Exemplo 5: MATLAB

matlab_example.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J matlab_job
#SBATCH -n 1
#SBATCH -t 02:00:00
#SBATCH --mem=8G

export INPUT="script.m dados.mat"
export OUTPUT="resultados_matlab/"

module load matlab/R2019b

job-nanny matlab -batch "script"

Exemplo 6: VASP

vasp_example.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J vasp_job
#SBATCH -N 4
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH -t 72:00:00

export INPUT="INCAR POSCAR POTCAR KPOINTS"
export OUTPUT="OUTCAR OSZICAR"

module load vasp/6.4.3

job-nanny mpirun -n 112 vasp_std

Solicitando Novas Aplicações

Se a aplicação que você precisa não está disponível:

  1. Verifique se pode instalar localmente (Instalando Aplicações)

  2. Caso contrário, solicite à equipe do GridUnesp

    Informações necessárias:

    • Nome da aplicação

    • Versão desejada

    • Link para documentação oficial

    • Justificativa para instalação global

    • Se há necessidade de bibliotecas específicas

    E-mail de contato para suporte: support.ncc@unesp.br

Aplicações Científicas Instaladas e Exemplos Mais Completos

Esta seção lista todas as aplicações disponíveis e fornece links para a documentação específica de cada uma.

Ver também