GridUnesp - Documentação do Usuário
Guia de Início Rápido
Bem-vinda/o ao GridUnesp
1. Criar Conta
2. Primeiro Acesso
3. Seu Primeiro Job
4. Comandos Essenciais
5. Recursos do Cluster
6. Próximos Passos
Início
Apresentação
Sobre o GridUnesp
Equipe de Especialistas
Contribuições
Política de Uso
Preâmbulo
Objetivos
Responsabilidades do Usuário
Conta e Acesso
Uso Aceitável dos Recursos
Uso Justo (Fair Use)
Atividades Proibidas
Política de Citação
Backup e Responsabilidade sobre Dados
Política de Backup
Recomendações:
Proteção de Dados (LGPD)
Responsabilidade sobre Software
Cooperação
Obrigação de Reportar Incidentes
Confidencialidade
Privacidade e Monitoramento
Política de Privacidade
Monitoramento de Atividades
Sanções e Penalidades
Disposições Finais
Vigência
Atualização da Política
Aceitação
Dúvidas e Esclarecimentos
Termo de Ciência
Segurança
Troca de Senha
Importância da Senha Segura
Como Trocar a Senha
Bloqueio de Usuário (Fail2Ban)
O que é o Fail2Ban?
Identificando um Bloqueio
Notificação de Segurança
Obrigação de Reportar
Confidencialidade
Política de Privacidade
Dados dos Usuários
Boas Práticas de Segurança
Proteção da Conta
Segurança no Acesso Remoto
Phishing e Engenharia Social
Monitoramento de Atividades
Jobs Suspeitos
Acessos Recentes
Segurança Física
Conformidade com a Política de Uso
Primeiros Passos
Cadastro
Projetos Cadastrados
Cadastro de Novos Projetos
Cadastro de Novos Usuários
Quem Pode Solicitar
Procedimento de Cadastro
Fluxo de Aprovação
Política de Citação
Modelos de Agradecimento
Acessando o Cluster
Acesso via Linux/Unix/MacOS
Acesso via Microsoft Windows
Configuração do PuTTY
Configuração do WinSCP
Confirmação de Segurança
Primeiro Acesso
Mudança de Chave do Servidor
Solução de Problemas de Acesso
Conexão Recusada
Permissão Negada
Transferindo Arquivos
Transferindo para o GridUnesp
Linux/Unix/MacOS (linha de comando)
Windows (WinSCP)
Transferindo do GridUnesp
Linux/Unix/MacOS (linha de comando)
Windows (WinSCP)
Cuidados com os Dados
Resumo de Comandos
Manual do Usuário
Manual do Usuário
Visão Geral dos Capítulos
Fluxo de Trabalho Típico
Onde Encontrar Ajuda
Exemplos Práticos
Próximos Passos
Instalando Aplicações
Opções de Instalação
Instalação via Módulos (Já Instalados)
Listando Módulos Disponíveis
Carregando um Módulo
Verificando Módulos Carregados
Descarregando um Módulo
Instalação Local no /home/
Usando –prefix (configure/make)
Instalação via Conda
Criando um Ambiente
Instalando Pacotes
Listando Ambientes e Pacotes
Usando em Scripts de Submissão
Instalação via Apptainer (Containers)
Criando uma Imagem
Executando um Container
Solicitando Instalação Global
Resumo dos Comandos
Processando Simulações
Fluxo de Trabalho Básico
Primeiro Job: Exemplo Simples
Monitorando Jobs
Comando squeue
Comando scontrol
Comando scancel
Sistema de Filas (Partições)
Sistemas de Arquivos
Resumo dos Comandos Básicos
Melhorando o Script de Submissão
Opções do SBATCH
Script job-nanny
Por que usar job-nanny?
Variáveis Obrigatórias
Variáveis Opcionais
Exemplos de Uso do job-nanny
Escolha Entre /tmp/ e /store/
Sistema de Filas (Detalhado)
Informações sobre o Storage (Detalhado)
Partição /tmp/
Partição /store/
Considerações Importantes
Política de Prioridade
Conceito de Fair Share
Visualizando o Fair Share
Comando sshare
Filtrando a Visualização
Como a Prioridade Afeta os Jobs
Listando Jobs em Ordem de Prioridade
Fatores que Influenciam a Prioridade
Dicas para Melhorar sua Prioridade
Entendendo a Meia-Vida de 14 Dias
Exemplo Prático
Resumo dos Comandos
Otimizando o Desempenho
Por Que Otimizar?
Fatores a Considerar
Exemplo Prático de Otimização
Teste 1: 24 processos em 12 nós (1 CPU por processo)
Teste 2: 24 processos em 8 nós (1 CPU por processo)
Teste 3: 24 processos em 12 nós (2 CPUs por processo)
Teste 4: 24 processos em 1 nó (2 CPUs por processo)
Tabela Comparativa
Estratégias de Otimização
HTC: “Quebrando” Grandes Inputs (HTC)
Trade-offs entre /tmp/ e /store/
Checklist de Otimização
Memória Compartilhada
Conceitos Básicos
OpenMP
Exemplo em C
Compilando
Script de Submissão
Variáveis Importantes
Limitações
Quando Usar Memória Compartilhada
Exemplo Prático: Produto Matricial
Dicas de Otimização
Memória Distribuída
Conceitos Básicos
MPI
Exemplo em C
Compilando
Script de Submissão
Distribuição de Processos
Opção 1: Especificar número total de processos
Opção 2: Especificar processos por nó
Opção 3: Especificar mínimo e máximo de nós
Comunicação entre Processos
Exemplo: Soma Distribuída
Híbrido: MPI + OpenMP
Quando Usar Memória Distribuída
Escalabilidade
Lei de Amdahl
Testando Escalabilidade
Problemas Comuns
Dicas de Otimização
Job Array
Conceito
Quando Usar Job Array
Sintaxe Básica
Formatos de Array
Exemplos Práticos
Exemplo 1: Processamento de Múltiplos Arquivos
Exemplo 2: Varredura de Parâmetros
Exemplo 3: Job Array com Limite de Simultâneos
Exemplo 4: Job Array com Dependências
Variáveis de Ambiente
Monitoramento de Job Arrays
Ver todos os jobs do array
Cancelar um job array
Ver detalhes de uma tarefa
Limitações
Boas Práticas
Comparação: Job Array vs Jobs Individuais
Uso de GPUs
Infraestrutura de GPU
Partição GPU
Script Básico para GPU
Exemplo com PyTorch
Criação do ambiente Conda
Código Python de exemplo
Script de submissão para PyTorch
Exemplo com TensorFlow
Criação do ambiente
Código Python
Script de submissão
Exemplo com CUDA (C/C++)
Código CUDA simples
Compilação e execução
Monitoramento de GPUs
Otimização para GPU
Problemas Comuns
Containers
Por que Usar Containers?
Apptainer vs Docker
Conceitos Básicos
Obtendo Imagens
Método 1: Pull do Docker Hub
Método 2: Construir a partir de definição
Executando Containers
Compartilhando Arquivos
Containers com GPU
Containers com MPI
Containers para Aplicações Específicas
Exemplo: GROMACS em container
Exemplo: Python com bibliotecas específicas
Boas Práticas com Containers
Solução de Problemas
Aplicações Instaladas
Sistema de Módulos
Lista de Aplicações por Categoria
Bibliotecas, Compiladores e Linguagens
Bioinformática
Química Computacional e Materiais
Física e Engenharia
Geociências
Ambientes e Ferramentas
Outras Aplicações
Exemplos Rápidos de Uso
Exemplo 1: GROMACS (Dinâmica Molecular)
Exemplo 2: Quantum ESPRESSO
Exemplo 3: Python com pacotes científicos
Exemplo 4: R para análise estatística
Exemplo 5: MATLAB
Exemplo 6: VASP
Solicitando Novas Aplicações
Aplicações Científicas Instaladas e Exemplos Mais Completos
Amber
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com MPI
Submissão de Jobs com GPU
Submissão de Jobs MPI + GPU
Exemplo de Arquivo de Entrada
Referências
Anaconda
Descrição
Versões Disponíveis
Comandos Básicos
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com OpenMP
Submissão de Jobs com MPI
Exemplo de Script Python com MPI
Criando Ambiente com Pacotes Específicos
Usando em Scripts de Submissão
Referências
ANSYS
Descrição
Versões Disponíveis
Componentes
Configuração de Ambiente
Submissão de Jobs com ANSYS Fluent (MPI)
Exemplo de Journal File para Fluent
Submissão de Jobs com ANSYS Mechanical (APDL)
Exemplo de Arquivo de Entrada APDL
Submissão de Jobs com CFX
Referências
BEAST
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs com BEAST 1.x
Submissão de Jobs com BEAST 2
Submissão de Jobs com BEAGLE (aceleração)
Job Array para Múltiplas Execuções
Arquivo de Exemplo (XML)
Ferramentas de Análise
Referências
Bowtie2
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs
Alinhamento Paired-end
Processamento com Script
Opções Importantes
Referências
BUSCO
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs
Modos de Execução
Modo Transcriptome
Bancos de Dados Disponíveis
Job Array para Múltiplas Amostras
Análise de Resultados
Referências
CCDC
Descrição
Versões Disponíveis
Componentes
Submissão de Jobs com GOLD
Exemplo de Arquivo de Configuração GOLD
Submissão de Jobs com GOLD (MPI)
Processamento em Lote de Múltiplos Ligantes
Acesso ao CSD (Cambridge Structural Database)
Análise com Mercury (modo texto)
Preparação com Hermes
Mapeamento com SuperStar
Referências
Charmm
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs em Paralelo
Submissão de Jobs com GPU
Exemplo de Arquivo de Entrada
Job Array para Múltiplas Simulações
Referências
ClustalW
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Opções Importantes
Alinhamento com Parâmetros Específicos
ClustalW com Perfis
Job Array para Múltiplos Alinhamentos
Referências
CP2K
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Submissão de Jobs com OpenMP
Submissão de Jobs Híbridos (MPI+OpenMP)
Submissão de Jobs com GPU (versão 2026.1.gpu)
Submissão de Jobs com Múltiplas GPUs
Submissão de Jobs Híbridos (MPI + GPU)
Variáveis de Ambiente
Exemplo de Arquivo de Entrada
Exemplo de Arquivo de Entrada com Configuração GPU
Job Array para Varredura de Parâmetros
Job Array para Varredura de Parâmetros com GPU
Otimização de Desempenho com GPU
Comparativo de Desempenho
Referências
Crystal
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Submissão de Jobs MPI com Múltiplos Nós
Exemplo de Arquivo de Entrada
Job Array para Múltiplos Sistemas
Análise de Resultados
Referências
CUDA
Descrição
Versões Disponíveis
Configuração de Ambiente
Compilando Código CUDA
Exemplo de Código CUDA
Submissão de Jobs CUDA
Multi-GPU
Informações sobre GPUs
Compilando com Múltiplas Arquiteturas
Usando CUDA com Python (CuPy)
Exemplo com CuPy
Depuração e Perfilamento
Referências
DFTB+
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada (HSD)
Job Array para Múltiplas Geometrias
Referências
DIRAC
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs SMP (OpenMP)
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada
Arquivo de Coordenadas (XYZ)
Job Array para Múltiplas Moléculas
Referências
ESPResSo
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Script Tcl
Simulação com LB (Lattice Boltzmann)
Job Array para Varredura de Parâmetros
Referências
ExaBayes
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs MPI
Submissão de Jobs Seriais
Exemplo de Arquivo de Configuração
Arquivo de Alinhamento (PHYLIP)
Opções Importantes
Job Array para Múltiplas Execuções
Análise de Resultados
Referências
Exciting
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs MPI
Submissão de Jobs Seriais
Exemplo de Arquivo de Entrada XML
Cálculo de Propriedades Específicas
Job Array para Varredura de Parâmetros
Referências
fastStructure
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Análise para Múltiplos K
Job Array para Diferentes Valores de K
Escolhendo o Melhor K
Formato dos Dados de Entrada
Visualização dos Resultados
Referências
Foam-Extend
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs Paralelos
Exemplo de Caso: Cavidade
Submissão de Jobs com GPU
Job Array para Múltiplos Casos
Análise de Resultados
Referências
g_mmpbsa
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Exemplo de Arquivo MDP
Índice para Decomposição
Análise de Decomposição por Resíduo
Job Array para Diferentes Temperaturas
Processamento com Múltiplas Trajetórias
Análise Estatística
Referências
GAMESS
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada
Job Array para Múltiplas Moléculas
Otimização de Geometria
Cálculo de Frequências
Referências
GAMIT
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Script de Execução (run.sh)
Job Array para Múltiplos Períodos
Processamento em Lote
Análise de Resultados
Referências
Gaussian
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs SMP (OpenMP)
Submissão de Jobs Linda (Paralelo Distribuído)
Exemplo de Arquivo de Entrada (.com)
Cálculo de Propriedades Específicas
Job Array para Varredura de Parâmetros
Cálculo de Estados Excitados (TD-DFT)
Referências
GCC
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando Módulos
Compilação Básica
Compilação com OpenMP
Compilação com MPI
Compilação com Bibliotecas Externas
Flags de Otimização Comuns
Job para Compilar e Executar
Job Array para Testar Diferentes Flags
Referências
GROMACS
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com OpenMP
Submissão de Jobs MPI
Submissão de Jobs Híbridos (MPI+OpenMP)
Submissão de Jobs com GPU
Arquivos de Parâmetros MDP
Job Array para Múltiplas Simulações
Análise de Trajetórias
Referências
HMMER
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com OpenMP
Principais Comandos HMMER
Exemplo Completo: Análise de Domínios
Alinhamento com HMM
Construção de Perfil a partir de Alinhamento
Job Array para Múltiplas Buscas
Análise de Resultados
Referências
Intel
Descrição
Versões Disponíveis
Componentes
Carregando Módulos
Compilação com Intel Compilers
Compilação com OpenMP
Compilação com Intel MPI
Execução com Intel MPI
Uso do Intel MKL
OneAPI (Versão Moderna)
Flags de Otimização Intel
Job Array para Testar Diferentes Flags
Referências
Kraken2
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com Múltiplas Threads
Classificação Paired-end
Construção de Banco de Dados
Job Array para Múltiplas Amostras
Filtragem e Pós-processamento
Análise Visual com Krona
Referências
LAMMPS
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada
Exemplo de Input para ReaxFF
Job Array para Varredura de Temperatura
Cálculo de Propriedades
Referências
Mathematica
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com MathKernel
Submissão de Jobs com Paralelismo
Exemplo de Script Mathematica
Job Array para Múltiplos Parâmetros
Processamento de Dados em Lote
Visualização de Dados
Referências
MATLAB
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com Arquivo .m
Submissão de Jobs com Paralelismo (Parallel Computing Toolbox)
Exemplo de Script MATLAB
Processamento de Imagens com Parallel Computing Toolbox
Job Array para Múltiplos Parâmetros
Utilizando Toolboxes Específicas
Compilação de Aplicações MATLAB
Execução de Aplicação Compilada
Referências
MFannot
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Arquivos de Entrada Necessários
Submissão de Jobs
Anotação com Diferentes Códigos Genéticos
Anotação com Busca por Similaridade
Job Array para Múltiplas Sequências
Interpretação dos Resultados
Pós-processamento com Python
Visualização de Resultados
Referências
Miniconda
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Comandos Básicos do Conda
Submissão de Jobs com Ambiente Conda
Criando Ambiente com Pacotes Específicos
Ambiente para Machine Learning
Job Array com Ambientes Diferentes
Gerenciando Múltiplos Ambientes
Ambiente com Suporte a GPU
Referências
MOPAC
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com OpenMP
Exemplo de Arquivo de Entrada (.mop)
Principais Palavras-chave MOPAC
Cálculo de Propriedades Termodinâmicas
Job Array para Varredura Conformacional
Cálculo de Orbitais Moleculares
Análise de Resultados
Referências
NAMD
Descrição
Versões Disponíveis
Submissão de Jobs Seriais (Multicore)
Submissão de Jobs MPI (TCP)
Submissão de Jobs Híbridos (SMP + TCP)
Exemplo de Arquivo de Configuração NAMD
Minimização de Energia
Equilibração com Restrições
Job Array para Múltiplas Temperaturas
Análise de Trajetórias com VMD
Referências
NetCDF
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando Módulos
Compilação com NetCDF
Exemplo de Código C
Exemplo de Código Fortran
Script para Processamento em Lote
Ferramentas de Linha de Comando
Job Array para Processamento Paralelo
Referências
OpenFOAM
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs Paralelos
Exemplo: Caso Cavidade (icoFoam)
Arquivos de Configuração do Caso
Job Array para Múltiplos Casos
Pós-processamento
Referências
OpenMPI
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Compilação com OpenMPI
Exemplo de Código MPI (C)
Exemplo de Código MPI (Fortran)
Submissão de Jobs MPI
Comunicação Coletiva (Exemplo)
MPI + OpenMP (Híbrido)
Job Array para Testes de Escalabilidade
Referências
ORCA
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs Paralelos (OpenMP)
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada
Cálculo DFT com Otimização
Cálculo de Propriedades (NMR, TD-DFT)
Job Array para Varredura de Parâmetros
Análise de Resultados
Referências
PartitionFinder
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Exemplo de Arquivo de Configuração
Job Array para Múltiplos Alinhamentos
Análise de Resultados
Referências
PFinderUCE-SWSC-EN
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Job Array para Múltiplos Alinhamentos
Formato do Arquivo de Entrada (NEXUS)
Processamento com PartitionFinder
Referências
Phyluce
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Exemplo de Arquivo de Configuração
Pipeline Completo de Análise de UCEs
Job Array para Processamento Paralelo
Ferramentas de Pós-processamento
Referências
PLUMED
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs com PLUMED + GROMACS
Submissão de Jobs com PLUMED + NAMD
Exemplo de Arquivo PLUMED
Metadinâmica com Reconstrução de Energia Livre
Umbrella Sampling
Análise de WHAM
Referências
Quantum ESPRESSO
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada (SCF)
Cálculo de Bandas
Cálculo de Propriedades Vibracionais
Otimização de Geometria
Job Array para Varredura de Parâmetros
Referências
quest-qmc
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Exemplo de Arquivo de Entrada
Arquivo de Geometria
Job Array para Varredura de Parâmetros
Análise de Resultados
Referências
R
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs com Paralelismo
Exemplo de Script R
Exemplo com Paralelismo
Job Array para Múltiplas Análises
Instalação de Pacotes
Bioconductor
Referências
RAxML
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Submissão de Jobs com Bootstrap
Exemplo de Arquivo de Entrada (PHYLIP)
Principais Opções
Análise Rápida com Bootstrap
Job Array para Múltiplos Genes
Análise de Resultados
Referências
RAxML-NG
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Busca pela Melhor Árvore
Bootstrap
Análise Completa (Busca + Bootstrap)
Modelos Disponíveis
Job Array para Múltiplos Alinhamentos
Análise de Resultados
Referências
RNXCMP
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Processamento em Lote
Descompressão
Job Array para Múltiplos Arquivos
Verificação de Integridade
Referências
ROOT
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Exemplo de Script ROOT (C++)
Script ROOT com Python (PyROOT)
Processamento em Lote
Job Array para Simulações
Análise RDataFrame
Referências
RSEM
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Preparação do Índice
Quantificação de Amostra Única
Processamento em Lote com Script
Job Array para Múltiplas Amostras
Análise com EBSeq
Extração de Resultados
Referências
Salmon
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Indexação do Transcriptoma
Quantificação (modo mapping-based)
Quantificação com Single-end
Processamento em Lote com Script
Job Array para Múltiplas Amostras
Detecção de Tipo de Biblioteca
Análise de Resultados
Referências
Siesta
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada (FDF)
Otimização de Geometria
Cálculo de Bandas
Density of States
Job Array para Varredura de Parâmetros
Análise de Resultados
Referências
SPAdes
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Montagem Básica
Montagem com Cuidado (Careful)
Montagem com Múltiplas Bibliotecas
Montagem Single-end
Montagem com Isolamento (Meta)
Montagem com RNA-seq (rnaSPAdes)
Job Array para Múltiplas Amostras
Análise de Resultados
Referências
Stacks
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Pipeline Básico com Stacks
Processamento com Script
Arquivo de População (popmap)
Job Array para Múltiplas Amostras
Análise de Populações
Filtragem de SNPs
Análise de Resultados
Referências
Structure
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Job Array para Múltiplos Valores de K
Múltiplas Execuções para Cada K
Arquivo de Entrada (mainparams)
Arquivo de Entrada (extraparams)
Arquivo de Dados
Análise de Resultados
Plot de Q-matrices
Referências
SU2
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Configuração
Otimização de Forma
Job Array para Varredura de Parâmetros
Análise de Resultados
Referências
SWAN
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs OpenMP
Submissão de Jobs MPI
Exemplo de Arquivo de Entrada
Arquivo de Batimetria
Arquivo de Pontos de Saída
Arquivo de Espectro de Entrada
Job Array para Múltiplas Simulações
Análise de Resultados
Referências
Tesseract
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Conversão de PDF para Imagem
Submissão de Jobs Básica
Processamento em Lote de Imagens
Job Array para Múltiplas Imagens
Múltiplos Idiomas
Configurações Avançadas
Processamento de PDF com Leptonica
Ferramentas Leptonica Disponíveis
Exemplo de Conversão com Leptonica
Referências
TrimGalore
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs
Job Array para Múltiplas Amostras
Job Array para Paired-end (Múltiplas Amostras)
Principais Opções e Funcionalidades
Arquivos de Saída
Dicas de Otimização
Referências
Trinity
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Montagem Básica
Montagem Strand-specific
Montagem Single-end
Montagem com Múltiplas Amostras
Incluir reads não pareadas
Quantificação de Abundância
Análise de Expressão Diferencial
Job Array para Múltiplas Amostras
Análise de Resultados
Referências
VASP
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Submissão de Jobs Seriais
Submissão de Jobs MPI
Arquivos de Entrada
Otimização de Geometria
Cálculo de Bandas
Densidade de Estados (DOS)
Job Array para Varredura de Parâmetros
Análise de Resultados
Referências
VCFtools
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Filtragem Básica
Filtragem por Profundidade
Filtragem por População
Cálculo de Estatísticas
Conversão de Formatos
Job Array para Múltiplos Cromossomos
Análise de PCA
Referências
Weka
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Classificação
Regressão
Clustering
Validação Cruzada
Seleção de Atributos
Job Array para Múltiplos Algoritmos
Otimização de Hiperparâmetros
Análise de Resultados
Comandos Úteis
Referências
xtb
Descrição
Versões Disponíveis
Carregando o Módulo
Cálculo de Energia Simples
Otimização de Geometria
Cálculo de Frequências
MD Simples (meta-dynamics)
Constantes de Tela (Solvente)
Propriedades Eletrônicas
Varredura de Coordenada (Scan)
Job Array para Múltiplas Moléculas
Análise de Resultados
Referências
Usando o job-nanny
Por Que Usar o job-nanny?
Como Funciona
Fluxo de Trabalho
Variáveis Obrigatórias
INPUT
OUTPUT
Variáveis Opcionais
Escolha Entre /tmp/ e /store/
Exemplos de Uso
Exemplo 1: Job Serial Simples
Exemplo 2: Job com Múltiplos Arquivos
Exemplo 3: Job com Arquivos Grandes
Exemplo 4: Job MPI (Múltiplos Nós)
Exemplo 5: Job com Checkpoints Frequentes
Exemplo 6: Job com Debug
Arquivo de Log do job-nanny
Erros Comuns e Soluções
Erro: “INPUT is missing”
Erro: “OUTPUT is missing”
Erro: “No space left on device”
Arquivos OUTPUT Não Aparecem em /home/
Erro: “Permission denied” no /store/
Perguntas Frequentes
Autenticação com Chaves SSH
Como Funcionam as Chaves SSH
Gerando um Par de Chaves SSH
Linux e macOS
Windows (PowerShell)
Windows (PuTTYgen)
Copiando a Chave Pública para o GridUnesp
Método 1: ssh-copy-id (Linux/macOS)
Método 2: Cópia Manual
Configurando o Arquivo ~/.ssh/config
Usando ssh-agent
Linux/macOS
Windows (PowerShell)
Solução de Problemas
Permissões Incorretas
Conexão Ainda Pede Senha
Erro: “Permissions 0644 for ‘id_rsa’ are too open”
Erro: “Agent admitted failure to sign”
Melhores Práticas de Segurança
Verificação de Fingerprints
Partições e Limites de Recursos
Conceitos Básicos
Partições Disponíveis
Consultando Partições
Comando sinfo
Comando scontrol
Especificando Recursos no Script
Partição
Tempo de Execução
Nós e Processos
Memória
GPUs
Exemplos Práticos
Exemplo 1: Job Serial
Exemplo 2: Job Paralelo OpenMP
Exemplo 3: Job MPI
Exemplo 4: Job GPU
Exemplo 5: Job Array com Limite de Simultâneos
Verificando Limites e Uso
Jobs em Execução
Recursos em Uso
Por Que Meu Job Não Começa?
Otimizando o Uso de Recursos
Guia Completo de Armazenamento
Sistemas de Armazenamento
/home/ - Diretório Pessoal
Características
O que guardar no /home/
/tmp/ - Armazenamento Local Temporário
Características
Quando usar /tmp/
Usando /tmp/ corretamente
/store/ - Armazenamento Compartilhado
Características
Quando usar /store/
Usando /store/
Gerenciando Espaço em Disco
Verificando uso do disco
Limpeza de arquivos
Compartilhando Dados com Outros Usuários
Política de Limpeza Automática
Estratégias de Backup
Opção 1: Backup Manual com rsync
Opção 2: Git para Código
Opção 3: Cloud Storage (rclone)
Opção 4: Tarball Periódico
Melhores Práticas
Regra 3-2-1
Checklist de Backup
Otimização de I/O
Solução de Problemas
Dúvidas Frequentes
Referência Completa de Diretivas SLURM
Introdução
Estrutura Básica de um Script
Diretivas Essenciais
Identificação do Job
Recursos de Computação
Partição e Tempo
Memória
Recursos Especiais
Diretivas Avançadas
E-mail e Notificações
Job Arrays
Dependências entre Jobs
Controle de Recursos
Distribuição de Tarefas
Controle de Saída
Reinício e Checkpoints
Exemplos Práticos Completos
Job Serial Simples
Job Paralelo OpenMP
Job Paralelo MPI
Job Híbrido MPI + OpenMP
Job com GPU
Job com Múltiplas GPUs
Job Array
Job Array com Limite de Simultâneos
Jobs com Dependência
Job com Notificação por E-mail
Variáveis de Ambiente SLURM
Identificação
Recursos
Nós e Localização
Arrays
Exemplo de Uso
Comandos SLURM Úteis
Submissão e Controle
Monitoramento
Histórico e Contabilidade
Dicas e Melhores Práticas
Estimando Recursos
Otimizando Tempo de Espera
Evitando Erros Comuns
Organizando Outputs
Debugging
Referências
Recursos e Suporte
Infraestrutura
Data Center
Projetos no Datacenter
Equipe
Cluster do GridUnesp
Definições
Operação
Configuração dos Nós
Worker Nodes (Nós de Processamento)
Resumo das Especificações
Rede
Consumo Energético
Sistema de Refrigeração
Futuras Aquisições
Política de Incorporação
Serviços Não Suportados
Boas Práticas
Compartilhamento de Acesso
Solicitação de Suporte
Manutenção dos Dados
Política de Backup
Gerenciamento de Espaço em Disco
Processamento no Servidor Access
Resumo de Boas Práticas
Perguntas Frequentes
Acesso ao GridUnesp
1) Como obter ajuda para utilizar o GridUnesp?
2) Como faço login no GridUnesp?
3) Não lembro minha senha. Como resetar?
4) “The authenticity of host… can’t be established” - O que significa?
5) “WARNING: POSSIBLE DNS SPOOFING DETECTED!” - O que fazer?
6) Por que não consigo fazer login?
7) Estava conectado e o terminal travou. Por quê?
8) Não sei o que fazer depois de acessar. Pode me ajudar?
9) Posso acessar o GridUnesp via browser?
Transferência de Arquivos
10) Como transfiro arquivos para minha conta?
11) Como transfiro arquivos do GridUnesp para meu computador?
Instalação de Programas
12) Não tenho permissão de administrador. Como instalar software?
13) Como faço para instalar um software específico?
Processamento de Jobs
14) Posso processar jobs no /home?
15) Como executar jobs no GridUnesp?
16) Como criar um script de submissão?
Monitoramento de Jobs
17) Por quanto tempo meu job pode processar?
18) Quantas partições existem?
19) Como sei que meu job começou a processar?
20) Por que meu job demora para começar?
21) Existe previsão para meu job começar?
22) Por que outros usuários têm muitos jobs e eu não?
Falhas no Processamento
23) Meu job foi cancelado por TIMEOUT. O que significa?
24) Meu job foi cancelado por falta de INPUT. O que significa?
25) Meu job foi cancelado por falta de OUTPUT. O que significa?
26) Por que meu job falhou?
Otimização de Jobs
27) Como acelerar o processamento do meu job?
28) Quantas CPUs posso solicitar?
29) Tem GPU no GridUnesp?
30) Como usar várias CPUs em um job?
31) Como processar jobs em paralelo?
32) Como usar MPI?
33) Como especificar número de nós?
34) Posso submeter vários jobs de uma vez?
35) Por que meu job é mais rápido em 1 nó do que em vários?
36) O GridUnesp usa InfiniBand ou Ethernet?
Boas Práticas
37) Meus arquivos são muito grandes. Há problema?
38) Como usar /store/ em vez de /tmp/?
39) Como usar /tmp/ em vez de /store/?
40) Posso deixar arquivos guardados no GridUnesp?
41) Como apagar arquivos da minha conta?
42) Como contribuir para o bom funcionamento do cluster?
Outras Dúvidas
43) O GridUnesp usa Ubuntu?
44) Qual é o sistema operacional?
45) Posso usar programas interativos?
46) Como abrir aplicações visuais?
47) Posso ter videoconferência com o suporte?
Solução de Problemas
Problemas de Acesso
Erro de Autenticação SSH
Conexão Recusada (Connection Refused)
Conexão Lenta ou Instável
Problemas com Jobs
Job em Estado PENDING por Muito Tempo
Job Falha Imediatamente
Job Cancelado (CANCELLED)
Job com Erro de Biblioteca
Problemas de Compilação
Problemas de Armazenamento
Sem Espaço em Disco
Arquivos Desapareceram
Erro de Permissão
Problemas de Performance
Job Muito Lento
Uso Excessivo de Memória (OOM)
Problemas com Módulos
Módulo Não Encontrado
Conflito entre Módulos
Problemas com job-nanny
INPUT/OUTPUT Obrigatórios
Uso de /store/ vs /tmp/
Problemas de Rede
Transferência Lenta
Falha na Transferência
Problemas Gerais
Comando Não Encontrado
Shell Padrão
Idioma do Sistema
Quando Contatar o Suporte
Contato
Suporte
Por que usar a lista de suporte?
Informações para incluir no e-mail
Localização
Horário de Funcionamento
Redes Sociais e Comunicação
Informações Adicionais
Estatísticas
Projetos e Usuários
Evolução de Projetos Cadastrados
Evolução de Usuários Cadastrados
Áreas do Conhecimento
Distribuição de Projetos por Área
Evolução por Área
Distribuição de Usuários por Área
Evolução Acumulada de Usuários por Área
Distribuição por Campus
Processamento
Horas de CPU Acumuladas
Uso por Colaborações Internacionais
Conexões dos Usuários
Distribuição Global
Mapa de Conexões
Conexões por Campus da Unesp
Histórico
2008 - Anúncio da Infraestrutura
2009 - Início de Operações
2010 - Expansão e Divulgação
2011 - Crescimento Acelerado
2012 - Reconhecimento Internacional
2013 - Consolidação e Novos Serviços
2014 - Acessibilidade
2015 - Marcas Expressivas
2016 - Upgrade e Conquistas Científicas
2017 - Conclusão do Upgrade
2018 - Ampliação e Estatísticas
2019 - Divulgação Científica
2020 - Pandemia e Demanda Acelerada
2021 - Continuidade Remota
2022 - Retorno e Consolidação
2023-2024 - Expansão Contínua
2025 - Novos Marcos
Publicações
Política de Citação
Obrigatoriedade
Modelos de Agradecimento
Comunicação de Publicações
Procedimento
Publicações Anteriores sem Agradecimento
Estatísticas de Publicações
Dados Acumulados
Lista Completa de Publicações
Artigos em Revistas
2026
2025
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
2011
Anais de Conferências
2025
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2014
2013
2012
2011
2010
2009
Teses de Mestrado e Doutorado
Teses de Doutorado
Dissertações de Mestrado
Artigos Submetidos (Teses e Dissertações)
Iniciação Científica
Projetos de Iniciação Científica
Artigos Submetidos para Publicação
2026
2025
2024
2023
2022
Importância da Comunicação
Por que informar suas publicações?
Impacto do GridUnesp na Produção Científica
Pesquisa de Satisfação
Visão Geral
Áreas Avaliadas
Resultados
Documentação de Apoio aos Usuários do GridUnesp
Contexto
Melhorias Implementadas
Próximas Melhorias
Submissão de Simulações
Visão Geral
Fatores que Afetam o Tempo de Espera
Dinâmica da Fila de Jobs
Exemplo Prático
Recomendações para Reduzir o Tempo de Espera
Suporte aos Usuários do GridUnesp
Tempo de Resposta
Provimento de Soluções
Melhorias Implementadas Durante a Pesquisa
Canais de Suporte
Dicas para um Suporte Eficiente
Índice NPS (Net Promoter Score)
O que é NPS?
Classificação dos Usuários
Cálculo do NPS
Resultados do GridUnesp
Comparativo com Empresas
Interpretação dos Resultados
Ações Pós-Pesquisa
Net Promoter Score (NPS)
Principais Pontos Fortes
Oportunidades de Melhoria
Ações Implementadas
Participe!
COVID-19
COVID-19
Operação Durante a Pandemia
Adaptações Realizadas
Estatísticas do Período
Impacto na Pesquisa
Cadastro de Novos Projetos e Usuários na Pandemia
Visão Geral
Novos Projetos Científicos
Novos Usuários
Evolução Mensal
Distribuição por Área do Conhecimento
Impacto da Pandemia
Processamento de Dados e Simulações na Pandemia
Visão Geral
Estatísticas de Processamento
Evolução Mensal
Análise por Período
2020: Primeiro Ano da Pandemia
2021: Consolidação do Trabalho Remoto
2022: Primeiro Trimestre
Média Mensal
Comparação com Período Pré-pandemia
Suporte aos Usuários na Pandemia
Visão Geral
Volume de Atendimentos
Tipos de Solicitações
Novas Aplicações Instaladas
Impacto do Suporte na Pandemia
Depoimentos de Usuários
Adaptação da Equipe
GridUnesp - Documentação do Usuário
Índice
Índice