RSEM

De acordo com a página do RSEM, “RSEM is an RNA-Seq transcript quantification program developed in 2009. In this tutorial, we will use some single cell RNA-Seq data from Shalek et al. to demonstrate the common uses of RSEM. The Shalek et al. study contains thousands of single cell RNA-Seq experiments from bone-marrow-derived mouse dendritic cells”.

Versões Disponíveis

  • rsem/1.2.25

Detalhes sobre o Programa

Ao carregar o módulo via comando module load rsem/1.2.25, serão criadas as seguintes variáveis:

  • RSEM_PATH = caminho para os executáveis do RSEM;

  • EBSEQ_PATH = caminho para os executáveis do EBSeq;

  • BOWTIE2_PATH = caminho para os executáveis do Bowtie2.

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 23:00:00 -c 8

export INPUT="ref data run.sh"
export OUTPUT="*"

module load rsem/1.2.25
job-nanny ./run.sh

em que o script run.sh tem o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash

echo "==================[ Build References ]==========================="

rsem-prepare-reference -p 8 \
--gtf ref/Mus_musculus.GRCm38.82.chr.gtf \
--bowtie2 --bowtie2-path $BOWTIE2_PATH \
ref/Mus_musculus.GRCm38.dna.toplevel.fa \
ref/mouse_ref

echo "==================[ Single Sample Analysis ]====================="

rsem-calculate-expression -p 8 --paired-end \
--bowtie2 --bowtie2-path $BOWTIE2_PATH \
--estimate-rspd \
--append-names \
--output-genome-bam \
data/SRR937564_1.fastq data/SRR937564_2.fastq \
ref/mouse_ref exp/LPS_6h

Antes de submeter o job, deve-se tornar o script executável pelo comando

chmod +x run.sh

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do RSEM.