Hmmer

De acordo com a página HMMER, “HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs).”

Versões disponíveis

hmmer/3.1b2

Submissão de Jobs em Paralelo (SMP)

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_parallel_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 3:00 -c 8

export INPUT="globins4.hmm globins4.sto"
export OUTPUT="*"

module load hmmer
job-nanny hmmbuild globins4.hmm globins4.sto

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_parallel_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a página HMMER.