ExaBayes

De acordo com a página do ExaBayes, “ExaBayes is a software package for Bayesian tree inference. It is particularly suitable for large-scale analyses on computer clusters”.

Versões Disponíveis

exabayes/1.5

Submissão de Jobs em Paralelo

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 20-00 -n 60

export INPUT="aln.phy config.nex"
export OUTPUT="*"

module load exabayes
job-nanny mpirun -np 60 exabayes -f aln.phy -m PROT -c config.nex -n 321 -s 123 -M 3 -S

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 20-00

export INPUT="aln.phy config.nex"
export OUTPUT="*"

module load exabayes
job-nanny yggdrasil -f aln.phy -m PROT -c config.nex -n 100 -s 123 -M 3 -S

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do ExaBayes.