.. _Hmmer:

Hmmer
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De acordo com a `página HMMER <http://hmmer.org/>`_,
"*HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs).*"


Versões disponíveis
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* hmmer/3.1b2


Submissão de Jobs em Paralelo (SMP)
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Crie um arquivo chamado, por exemplo, *submit_parallel_jobs.sh*.

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   #SBATCH -t 3:00 -c 8

   export INPUT="globins4.hmm globins4.sto"
   export OUTPUT="*"

   module load hmmer
   job-nanny hmmbuild globins4.hmm globins4.sto

Para submeter o processo, basta usar o comando:

.. code-block:: bash

   sbatch submit_parallel_jobs.sh


Referências
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Para informações adicionais sobre o software, consulte a `página HMMER <http://hmmer.org/>`_.