.. _RSEM:

RSEM
====

De acordo com a `página do RSEM <https://github.com/bli25broad/RSEM_tutorial>`_,
"*RSEM is an RNA-Seq transcript quantification program developed in 2009. In
this tutorial, we will use some single cell RNA-Seq data from Shalek et al. to
demonstrate the common uses of RSEM. The Shalek et al. study contains thousands
of single cell RNA-Seq experiments from bone-marrow-derived mouse dendritic
cells*".


Versões Disponíveis
-------------------

* rsem/1.2.25


Detalhes sobre o Programa
-------------------------

Ao carregar o módulo via comando ``module load rsem/1.2.25``, serão criadas as
seguintes variáveis:

* RSEM_PATH = caminho para os executáveis do **RSEM**;
* EBSEQ_PATH = caminho para os executáveis do **EBSeq**;
* BOWTIE2_PATH = caminho para os executáveis do **Bowtie2**.


Submissão de Jobs Seriais
-------------------------

Crie um arquivo chamado, por exemplo, *submit_serial_jobs.sh*.

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   #SBATCH -t 23:00:00 -c 8

   export INPUT="ref data run.sh"
   export OUTPUT="*"
   
   module load rsem/1.2.25
   job-nanny ./run.sh

em que o script run.sh tem o seguinte conteúdo:

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   
   echo "==================[ Build References ]==========================="
   
   rsem-prepare-reference -p 8 \
   --gtf ref/Mus_musculus.GRCm38.82.chr.gtf \
   --bowtie2 --bowtie2-path $BOWTIE2_PATH \
   ref/Mus_musculus.GRCm38.dna.toplevel.fa \
   ref/mouse_ref
   
   echo "==================[ Single Sample Analysis ]====================="
   
   rsem-calculate-expression -p 8 --paired-end \
   --bowtie2 --bowtie2-path $BOWTIE2_PATH \
   --estimate-rspd \
   --append-names \
   --output-genome-bam \
   data/SRR937564_1.fastq data/SRR937564_2.fastq \
   ref/mouse_ref exp/LPS_6h

Antes de submeter o job, deve-se tornar o script executável pelo comando

.. code-block:: bash

   chmod +x run.sh

Para submeter o processo, basta usar o comando:

.. code-block:: bash

   sbatch submit_serial_jobs.sh


Referências
-----------

Para informações adicionais sobre o software, consulte a `documentação do RSEM <https://github.com/bli25broad/RSEM_tutorial>`_.