Suporte (GridUNESP)

h1. ManyCore

h2. Acessando o XeonPhi

A XeonPhi está instalada na máquina (phi01.ncc.unesp.br), para acessar você deve ter uma conta na base LDAP do NCC.

<pre>

$ ssh phi01.ncc.unesp.br

</pre>

Para garantir que um usuário/grupo utilize a XeonPhi por vez, nesta máquina encontra-se instalado o gerenciador de recursos, "SLURM":https://computing.llnl.gov/linux/slurm/slurm.html. Então toda vez que quiser utilizar o XeonPhi, você deve entrar na fila de espera para utilização. Utilize o comando abaixo para obter uma shell interativa:

<pre>

$ srun --pty --gres=mic bash -i

</pre>

Ao sair da shell automaticamente você liberará o recurso para outros utilizarem. Sua shell será finalizada após *1 hora*, você pode alterar esse valor com o parametro walltime para o tempo máximo de utilização de 24 horas.

Para executar um script não interativo, e com tempo máximo de execução de *2 horas*, execute:

<pre>

$ srun --gres=mic -t 2:00:00 /home/user/script.sh

</pre>

Para alocar *2 placas*, use:

<pre>

$ srun --gres=mic:2 /home/user/script.sh

</pre>

Para ver a fila atual, execute:

<pre>

$ squeue

</pre>

Desta forma você estará na máquina que possui o XeonPhi instalado, para fazer ssh para a própria XeonPhi, execute:

<pre>

$ ssh root@$(get_mics -1)

</pre>

h2. Compilação

No diretório _/opt/ncc_demo/_ existe o arquivo _hello-openmp.c_. Copie para o seu diretório.

h3. Compilação OpenMP

<pre>

# compilacao

icc -mmic -openmp hello-openmp.c -o hello-openmp

# copie o ambiente para o xeon phi

/opt/ncc-demo/copy-openmp-env.sh

</pre>

h3. Execução interativa

<pre>

# aloque o recurso

srun --pty --gres=mic bash -i

MIC=$(get_mics -1)

# copie o seu executável

scp hello-openmp root@$MIC:

# acesse o xeon phi

ssh root@$MIC

# execute sua aplicação

./hello-openmp

# termine a sessão (2x)

exit # ssh da MIC

exit # srun iterativo

</pre>

h3. Execução em fila

Alternativamente, para enviar o processo como job batch, prepare um arquivo (hello-openmp.sh):

<pre>

#!/bin/bash

MIC=$(get_mics -1)

scp hello-openmp root@$MIC:

ssh root@$MIC /root/hello-openmp

</pre>

e envie para a fila

<pre>

chmod +x hello-openmp.sh

srun --gres=mic hello-openmp.sh

</pre>

h2. MPI

Exemplo de compilação e execução MPI:

<pre>

. /opt/intel/impi/4.1.0/bin64/mpivars.sh

cp /opt/ncc-demo/hello-mpi.c

mpiicc -mmic hello-mpi.c -o hello-mpi

/opt/ncc-demo/copy-impi-env.sh

srun --pty --gres=mic bash -i

MIC=$(get_mics -1)

scp hello-mpi root@$MIC:

ssh root@$MIC

mpiexec -n 240 ./hello-openmp

exit # ssh da MIC

exit # srun iterativo

</pre>

h3. Modo hybrid

Esse tutorial apresenta a utilização de uma forma mais sofisticada, usando o modo hybrid, com o processador e mais de uma mic rodando a mesma simulação.

http://software.intel.com/en-us/articles/using-the-intel-mpi-library-on-intel-xeon-phi-coprocessor-systems

Nesse caso é muito importante observar a assimetria de processamento e evitar barreiras de sincronização.

h3. HPL

Para a realização de benchmark foi usado o binário fornecido no pacote da Intel, disponível em

<pre>

/opt/intel/composerxe/mkl/benchmarks/mp_linpack/bin_intel/mic/

</pre>