Suporte (GridUNESP)

h1. SLURM

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O gerenciador de processos do cluster é o SLURM.

Além dos comandos nativos aqui descritos, ele também oferece comandos compatíveis aos comandos usados em ambientes com PBS (qstat, qsub,...).

Para usar essa interface, sugerimos o uso dos [[EnvModules]]. Veja exemplos de utilização, por exemplo com [[Gromacs]]. Utilize sempre o script auxiliar [[goo-job-nanny]].

h2. Fila de processos

<pre>
squeue
</pre>

<pre>
squeue -u $USER
</pre>

h2. Informações de um processo específico

<pre>
scontrol show jobid <id>
</pre>

h2. Nós de processamento

<pre>
sinfo
</pre>

h2. Tela interativa com o mapa de processos

<pre>
smap
</pre>

h2. Histórico dos processos já concluídos e contabilidade

<pre>
sacct
</pre>

h2. Enviar um processo

h3. Crie um script como no modelo (simulacao.sh):

<pre>
#!/bin/sh
#SBATCH --time=1
/bin/hostname
</pre>

h3. Envie para a fila

<pre>
sbatch simulacao.sh
</pre>

A saída padrão e erro padrão serão slurm-<id>.out e slurm-<id>.err, respectivamente.

h3. Parâmetros

É possível especificar parâmetros no interior do script (precedido de #SBATCH) ou diretamente na linha de comando sbatch. Entre elas:

|comando|abreviação|significado|
|--time|-t|tempo máximo de execução ("minutos", "minutos:segundos", "horas:minutos:segundos", "dias-horas")|
|--cpus-per-task|-c|número de processos por servidor|
|--nodes|-N|número mínimo de servidores|
|--ntasks|-n|número total de processos|
|--output|-o|arquivo com o _stdout_|
|--error|-e|arquivo com o _stderr_|

h2. Processos interativos

Também é possível alocar recursos para uso interativo:

<pre>
salloc
</pre>

Os parâmetros são similares ao sbatch.

h2. Cancelar um processo

<pre>
scancel <id>
</pre>

h2. Exemplo MPI

A biblioteca MPI recomendada é a Intel MPI.

compilação
<pre>
module load intel/compilers
module load intel/mpi
mpicc mpi_code.c -o mpi_program
</pre>

_exemplo.sh_
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -n 128

module load intel/mpi
srun -n 128 /home/<user>/<mpi_program>
</pre>

execução
<pre>
sbatch exemplo.sh
</pre>

h2. Referências

https://computing.llnl.gov/linux/slurm/quickstart.html
http://www.tchpc.tcd.ie/node/129
http://slurm.schedmd.com/sbatch.html