SLURM¶
- SLURM
O gerenciador de processos do cluster é o SLURM.
Além dos comandos nativos aqui descritos, ele também oferece comandos compatíveis aos comandos usados em ambientes com PBS (qstat, qsub,...).
Para usar essa interface, sugerimos o uso dos EnvModules. Veja exemplos de utilização, por exemplo com Gromacs. Utilize sempre o script auxiliar goo-job-nanny.
Fila de processos¶
squeue
squeue -u $USER
Informações de um processo específico¶
scontrol show jobid <id>
Nós de processamento¶
sinfo
Tela interativa com o mapa de processos¶
smap
Histórico dos processos já concluídos e contabilidade¶
sacct
Enviar um processo¶
Crie um script como no modelo (simulacao.sh):¶
#!/bin/sh #SBATCH --time=1 /bin/hostname
Envie para a fila¶
sbatch simulacao.sh
A saída padrão e erro padrão serão slurm-<id>.out e slurm-<id>.err, respectivamente.
Parâmetros¶
É possível especificar parâmetros no interior do script (precedido de #SBATCH) ou diretamente na linha de comando sbatch. Entre elas:
| comando | abreviação | significado |
| --time | -t | tempo máximo de execução ("minutos", "minutos:segundos", "horas:minutos:segundos", "dias-horas") |
| --cpus-per-task | -c | número de processos por servidor |
| --nodes | -N | número mínimo de servidores |
| --ntasks | -n | número total de processos |
| --output | -o | arquivo com o stdout |
| --error | -e | arquivo com o stderr |
Informação sobre o tempo das filas: Filas
Processos interativos¶
Também é possível alocar recursos para uso interativo:
salloc
Os parâmetros são similares ao sbatch.
Cancelar um processo¶
scancel <id>
Exemplo MPI¶
A biblioteca MPI recomendada é a Intel MPI.
compilação
module load intel/compilers module load intel/mpi mpicc mpi_code.c -o mpi_program
exemplo.sh
#!/bin/bash #SBATCH -n 128 module load intel/mpi srun -n 128 /home/<user>/<mpi_program>
execução
sbatch exemplo.sh
Referências¶
https://computing.llnl.gov/linux/slurm/quickstart.html
http://www.tchpc.tcd.ie/node/129
http://slurm.schedmd.com/sbatch.html