Documentação do usuário GridUNESP¶

• Documentação do usuário GridUNESP
• Introdução
• Informações importantes
  • Política de uso
  • Certificados digitais
  • Citação
• Acesso e submissão
  • Informações básicas
  • Mecanismos de acesso aos recursos:
    • Cluster local (HPC tradicional)
    • Grid tradicional (sem o go, diretamente com o condor_q)
    • Sistema de submissão simplificado (GO)
    • Goo - Portal (+ linha de comando)
• Aplicativos suportados
  • Sobre o estado do sistema
  • Email
  • Reportando problemas
  • Dúvidas freqüentes
• Estatísticas
• Eventos

Introdução¶

Bem-vindo à página principal da documentação de usuário do GridUnesp, que visa disponibilizar informações úteis para a comunidade de usuários do sistema.

Correções e sugestões são sempre muito bem-vindas. Caso encontre falhas na documentação ou queira contribuir com sugestões para novos tópicos, pedimos que envie email ao time de suporte técnico: support(at)ncc.unesp.br.

Informações importantes¶

Política de uso¶

Política de uso

Certificados digitais¶

Informações sobre os certificados digitais

Citação¶

De acordo com a política de uso, em todos os artigos submetidos a revistas científicas, proceedings de conferências, teses, dissertações, etc., que façam uso dos recursos computacionais deve conter um agradecimento ao NCC/GridUNESP. O modelo de agradecimento segue abaixo:

"This research was supported by resources supplied by the Center for Scientific Computing (NCC/GridUNESP) of the São Paulo State University (UNESP)."

ou

"Esta pesquisa tornou-se possível graças aos recursos computacionais disponibilizados pelo Núcleo de Computação Científica (NCC/GridUNESP) da Universidade Estadual Paulista (UNESP)."

Solicitamos também que nos informe quando ocorrer a publicação.

Veja abaixo a lista de artigos científicos publicados sobre o GridUNESP.

Artigos e trabalhos publicados

Projetos Cadastrados

Acesso e submissão¶

Informações básicas¶

• Instruções de acesso

• Instruções de como trocar a senha

• Carregando ferramentas de compilação, aplicações e bibliotecas

• Identificando e informando problemas

• Nova organização das filas

Mecanismos de acesso aos recursos:¶

Atualmente o GridUnesp oferece diversas formas de utilizar os seus recursos. Elas variam em funcionalidade e capacidade. Com isso é possível escolher a forma que melhor atende ao seu modo de trabalho.

Cluster local (HPC tradicional)¶

Esse é o modelo tradicional de uso de recursos de alto desempenho (Cluster HPC).

• Vantagens:
  • simples
  • melhor controle dos recursos alocados
  • não requer mecanismos adicionais de segurança de grid (myproxy)
• Desvantagens:
  • envio fica limitado à apenas o cluster central, não explorando todo o potencial das grades
• Recomendação:
  • usuários iniciantes
  • usuários com processos MPI e/ou SMP
  • usuários com processos individuais que demorem mais de 12 horas
  • usuários que precisem depurar ou otimizar programas

Mais informações: Usando o cluster local (via SLURM)

Grid tradicional (sem o go, diretamente com o condor_q)¶

É possível usar diretamente a estrutura de grid. Porém essa opção requer conhecimentos avançados da tecnologia de grid (globus, SRM, GridFTP, certificados...)

• Vantagens:
  • permite explorar todo o potencial das grades
  • uso de workflows complexos
  • capacidade de tratar grandes fluxos de dados (ordem de TB)
• Desvantagens:
  • limitações impostas aos processos de grid: single core, execução de até 12 horas, muitas vezes oportunístico
• Recomendação:
  • usuários experientes com grids
  • processos "bag of tasks" - muitos processos sem comunicação entre si

Mais informações: Introdução sobre a tecnologia de grid, Sistema tradicional de grid e Informações práticas sobre o uso dos certificados digitais

Sistema de submissão simplificado (GO)¶

Para simplificar o uso da estrutura de grid, desenvolvemos o script go. Ele abstrai vários detalhes e permite a geração de arquivos de progresso e checkpoint, por exemplo.
As aplicações instaladas são suportadas através de um template, simplificando muito o uso para usuários iniciantes. Porém elas podem ser limitantes em diversos aspectos.

O sistema GO ainda é suportado, e pode ser usado para o envio ao cluster local ou para o grid. Futuramente daremos prioridade ao uso do Goo (portal e linha de comando), desenvolvido para suceder o GO.

• Vantagens:
  • suporte a diversas aplicações pelo uso de templates
  • simples de usar
  • abstrai o uso da tecnologia de grid
• Desvantagens:
  • limitado quando a definições precisas dos recursos (uso de memória, distribuição dos jobs MPI...)
  • eventualmente será substituído pelo Goo (portal)
• Recomendação:
  • usuários habituados com esse método

Mais informações: Sistema de submissão simplificada (GO)

Goo - Portal (+ linha de comando)¶

Trazendo diversos novos recursos, foi desenvolvido um sucessor do GO, o Goo. Ele é um portal de envio e gerenciamento de processos, mas que também funciona com linha de comando e uma API ReST.

Foi lançado em 2014, mas um número pequeno de aplicações suportadas pelo Go foram portadas para o Goo. Até que isso seja terminado, os dois sistemas estarão disponíveis.

• Vantagens:
  • simplicidade de uso: basta um navegador, funcionando inclusive em tablets e celulares
  • abstrai o uso da tecnologia de grid
• Desvantagens:
  • poucas aplicações suportadas no momento
• Recomendação:
  • usuários de aplicações já suportadas

Mais informações: Portal de submissão

Aplicativos suportados¶

Nome	Versão	Local(*)	GO	Goo
BEAST	1.6.1	S	S	N
BEAST	1.8.2	S	N	N
BEAST	2.3.0	S	N	N
BEAST	2.4.0	S	N	N
Charmm	c37b2	S	N	N
Clustalw	1.82	N	S	N
Crystal	14.1	S	S	N
Dacapo	r474	N	S	N
Dalton	2013.4	N	S	N
Dalton	2016.0	S	N	N
Dirac	12.3	N	S	N
Espresso	3.2.0	N	S	N
Estructure	2.3.4	S	N	N
Foam-Extend	3.1	S	N	N
Estructurama	2.0	S	N	N
Gamess	2013	N	S	N
Gamit	10.5	S	S	N
Garli	2.0	N	S	N
Gaussian	09	S	S	N
GPAW	2012 07	N	S	N
Gromacs	4.5.4	N	S	N
Gromacs	4.6.5	N	S	S
Gromacs	5.0.4	S	N	N
Hmmer	3.1b2	S	N	N
IM	12_17_2009	N	S	N
IMa2	8.26.11	N	S	N
LAMMPS	18_10_2011	N	S	N
LAMMPS	10_02_2015	S	N	N
Mathematica	9	S	S	N
MOPAC	13.294	N	S	N
MrBayes	3.1.2	N	S	N
MrBayes	3.2.5	S	N	N
Mugsy	1.2.1	N	S	N
NAMD	2.9	N	S	N
NAMD	2.10	S	N	N
NWChem	6.5.r26243	S	N	N
OpenFOAM	2.4.0	N	S	N
Orca	r1730	N	S	N
Phyluce	1.5.0	S	N	N
Python*	2.7	N	S	S
POY	4.1.2	N	S	N
QuantumEspresso	4.3	S	S	N
QuantumEspresso	5.2	S	S	N
R	3.1	S	S	N
RAxML	7.3.0	N	S	N
RAxML	8.2.2	S	N	N
Siesta	3.2.4	S	S	N
TESS3	1.0	S	N	N
Tesseract	3.05	S	N	N

(*) Todas as aplicações suportam execução pelo método local. As marcadas com (S) foram testadas e possuem os enviroment modules corretos
h1. Suporte

Sobre o estado do sistema¶

É possível verificar alguns aspectos do sistema através do "RSV": http://ce.grid.unesp.br/rsv/

Notícias relacionadas a instabilidades e manutenções serão registradas em Notícias (alto dessa página)

Email¶

Envie suas dúvidas para a equipe de suporte através do email support(at)ncc.unesp.br.

Reportando problemas¶

Para reportar dúvidas ou problemas utilize o sistema de tickets.

Para criar um novo Ticket, clique em "Entrar" no canto direito superior e use seu usuário e senha.

Dúvidas freqüentes¶

FAQ (Frequently Asked Questions)

Estatísticas¶

• Utilização 2010
• Utilização 2011
• Utilização 2013

Eventos¶

• São Paulo OSG School: https://indico.fnal.gov/conferenceDisplay.py?confId=3586
• Encontro2011
• WorkshopHPCSysAdmins