Suporte (GridUNESP)

h1. SLURM

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O gerenciador de processos do cluster é o SLURM.

Além dos comandos nativos aqui descritos, ele também oferece comandos compatíveis aos comandos usados em ambientes com PBS (qstat, qsub,...).

Para usar essa interface, sugerimos o uso dos [[EnvModules]]. Veja exemplos de utilização, por exemplo com [[Gromacs]]. Utilize sempre o script auxiliar [[goo-job-nanny]].

h2. Fila de processos

<pre>

squeue

</pre>

<pre>

squeue -u $USER

</pre>

h2. Informações de um processo específico

<pre>

scontrol show jobid <id>

</pre>

h2. Nós de processamento

<pre>

sinfo

</pre>

h2. Tela interativa com o mapa de processos

<pre>

smap

</pre>

h2. Histórico dos processos já concluídos e contabilidade

<pre>

sacct

</pre>

h2. Enviar um processo

h3. Crie um script como no modelo (simulacao.sh):

<pre>

#!/bin/sh

#SBATCH --time=1

/bin/hostname

</pre>

h3. Envie para a fila

<pre>

sbatch simulacao.sh

</pre>

A saída padrão e erro padrão serão slurm-<id>.out e slurm-<id>.err, respectivamente.

h3. Parâmetros

É possível especificar parâmetros no interior do script (precedido de #SBATCH) ou diretamente na linha de comando sbatch. Entre elas:

|comando|abreviação|significado|

|--time|-t|tempo máximo de execução ("minutos", "minutos:segundos", "horas:minutos:segundos", "dias-horas")|

|--cpus-per-task|-c|número de processos por servidor|

|--nodes|-N|número mínimo de servidores|

|--ntasks|-n|número total de processos|

|--output|-o|arquivo com o _stdout_|

|--error|-e|arquivo com o _stderr_|

h2. Processos interativos

Também é possível alocar recursos para uso interativo:

<pre>

salloc

</pre>

Os parâmetros são similares ao sbatch.

h2. Cancelar um processo

<pre>

scancel <id>

</pre>

h2. Exemplo MPI

A biblioteca MPI recomendada é a Intel MPI.

compilação

<pre>

module load intel/compilers

module load intel/mpi

mpicc mpi_code.c -o mpi_program

</pre>

_exemplo.sh_

<pre>

#!/bin/bash

#SBATCH -n 128

module load intel/mpi

srun -n 128 /home/<user>/<mpi_program>

</pre>

execução

<pre>

sbatch exemplo.sh

</pre>

h2. Referências

https://computing.llnl.gov/linux/slurm/quickstart.html

http://www.tchpc.tcd.ie/node/129

http://slurm.schedmd.com/sbatch.html