ManyCore » History » Version 9
Version 8 (Gabriel Winckler, 01 Jul 2013 17:07) → Version 9/13 (Beraldo Leal, 01 Jul 2013 17:09)
h1. ManyCore
h2. Acessando o XeonPhi
A XeonPhi está instalada na máquina (phi01.ncc.unesp.br), para acessar você deve ter uma conta na base LDAP do NCC.
<pre>
$ ssh phi01.ncc.unesp.br
</pre>
Para garantir que um usuário/grupo utilize a XeonPhi por vez, nesta máquina encontra-se instalado o gerenciador de recursos, "SLURM":https://computing.llnl.gov/linux/slurm/slurm.html. Então toda vez que quiser utilizar o XeonPhi, você deve entrar na fila de espera para utilização. Utilize o comando abaixo para obter uma shell interativa:
<pre>
$ srun --pty --gres=mic bash -i
</pre>
Ao sair da shell automaticamente você liberará o recurso para outros utilizarem. Sua shell será finalizada após *1 hora*, você pode alterar esse valor com o parametro walltime para o tempo máximo de utilização de 24 horas.
Para executar um script não interativo, e com tempo máximo de execução de *2 horas*, execute:
<pre>
$ srun --gres=mic -t 2:00:00 /home/user/script.sh
</pre>
Para alocar *2 placas*, use:
<pre>
$ srun --gres=mic:2 /home/user/script.sh
</pre>
Para ver a fila atual, execute:
<pre>
$ squeue
</pre>
Desta forma você estará na máquina que possui o XeonPhi instalado, para fazer ssh para a própria XeonPhi, execute:
<pre>
$ ssh root@$(get_mics -1)
</pre>
h2. Compilação
No diretório _/opt/ncc_demo/_ existe o arquivo _hello-openmp.c_. Copie para o seu diretório.
h3. Compilação OpenMP
<pre>
# compilacao
icc -mmic -openmp hello-openmp.c -o hello-openmp
# copie o ambiente para o xeon phi
/opt/ncc-demo/copy-openmp-env.sh
</pre>
h3. Execução interativa
<pre>
# aloque o recurso
srun --pty --gres=mic bash -i
MIC=$(get_mics -1)
# copie o seu executável
scp hello-openmp root@$MIC: root@mic0:
# acesse o xeon phi
ssh root@$MIC root@$(get_mics -1)
# execute sua aplicação
./hello-openmp
# termine a sessão (2x)
exit # ssh da MIC
exit # srun iterativo
</pre>
h3. Execução em fila
Alternativamente, para enviar o processo como job batch, prepare um arquivo (hello-openmp.sh): (hello-openmp.sub):
<pre>
#!/bin/bash
MIC=$(get_mics -1)
scp hello-openmp root@$MIC:
ssh root@$MIC /root/hello-openmp
</pre>
e envie para a fila
<pre>
chmod +x hello-openmp.sh hello-openmp.sub
srun --gres=mic hello-openmp.sh hello-openmp.sub
</pre>
h2. Acessando o XeonPhi
A XeonPhi está instalada na máquina (phi01.ncc.unesp.br), para acessar você deve ter uma conta na base LDAP do NCC.
<pre>
$ ssh phi01.ncc.unesp.br
</pre>
Para garantir que um usuário/grupo utilize a XeonPhi por vez, nesta máquina encontra-se instalado o gerenciador de recursos, "SLURM":https://computing.llnl.gov/linux/slurm/slurm.html. Então toda vez que quiser utilizar o XeonPhi, você deve entrar na fila de espera para utilização. Utilize o comando abaixo para obter uma shell interativa:
<pre>
$ srun --pty --gres=mic bash -i
</pre>
Ao sair da shell automaticamente você liberará o recurso para outros utilizarem. Sua shell será finalizada após *1 hora*, você pode alterar esse valor com o parametro walltime para o tempo máximo de utilização de 24 horas.
Para executar um script não interativo, e com tempo máximo de execução de *2 horas*, execute:
<pre>
$ srun --gres=mic -t 2:00:00 /home/user/script.sh
</pre>
Para alocar *2 placas*, use:
<pre>
$ srun --gres=mic:2 /home/user/script.sh
</pre>
Para ver a fila atual, execute:
<pre>
$ squeue
</pre>
Desta forma você estará na máquina que possui o XeonPhi instalado, para fazer ssh para a própria XeonPhi, execute:
<pre>
$ ssh root@$(get_mics -1)
</pre>
h2. Compilação
No diretório _/opt/ncc_demo/_ existe o arquivo _hello-openmp.c_. Copie para o seu diretório.
h3. Compilação OpenMP
<pre>
# compilacao
icc -mmic -openmp hello-openmp.c -o hello-openmp
# copie o ambiente para o xeon phi
/opt/ncc-demo/copy-openmp-env.sh
</pre>
h3. Execução interativa
<pre>
# aloque o recurso
srun --pty --gres=mic bash -i
MIC=$(get_mics -1)
# copie o seu executável
scp hello-openmp root@$MIC: root@mic0:
# acesse o xeon phi
ssh root@$MIC root@$(get_mics -1)
# execute sua aplicação
./hello-openmp
# termine a sessão (2x)
exit # ssh da MIC
exit # srun iterativo
</pre>
h3. Execução em fila
Alternativamente, para enviar o processo como job batch, prepare um arquivo (hello-openmp.sh): (hello-openmp.sub):
<pre>
#!/bin/bash
MIC=$(get_mics -1)
scp hello-openmp root@$MIC:
ssh root@$MIC /root/hello-openmp
</pre>
e envie para a fila
<pre>
chmod +x hello-openmp.sh hello-openmp.sub
srun --gres=mic hello-openmp.sh hello-openmp.sub
</pre>