Problema #867
Instalação de software: Gromacs 5.0.4
| Status: | Resolvida | Start date: | 30 Mar 2015 | |
|---|---|---|---|---|
| Priority: | Alta | Due date: | ||
| Assignee: | Gabriel Winckler | % Done: | 0% | |
| Category: | - | |||
| Target version: | - |
Description
De Antoniel Augusto:
Como solicitado no e-mail sobre o fim da manutenção do grid, venho reforçar meu pedido para que atualizem o Gromacs para a versão mais recente: 5.0.4. As duas versões encontradas no grid não suportam arquivos de versões > 5.0.
History
#1 Updated by Gabriel Winckler over 11 years ago
cd /opt/gridunesp/gromacs/src/ wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.0.4.tar.gz tar xvzf gromacs-5.0.4.tar.gz module load intel/compilers/2013.1 module load intel/mpi/4.1.3 mkdir build cd build cmake28 .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=on -DCMAKE_C_COMPILER=mpiicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpc -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gridunesp/gromacs/5.0.4 -DGMX_SIMD=SSE4.1 make -j 8 make -j 8 check make install cmake28 .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=on -DCMAKE_C_COMPILER=mpiicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpc -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gridunesp/gromacs/5.0.4 -DGMX_SIMD=SSE4.1 -DGMX_DOUBLE=on make -j 8 make -j 8 check make install cmake28 .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DCMAKE_C_COMPILER=icc -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gridunesp/gromacs/5.0.4 -DGMX_SIMD=SSE4.1 make -j 8 make -j 8 check make install cmake28 .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DCMAKE_C_COMPILER=icc -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gridunesp/gromacs/5.0.4 -DGMX_SIMD=SSE4.1 -DGMX_DOUBLE=on make -j 8 make -j 8 check make install
#2 Updated by Gabriel Winckler over 11 years ago
- Status changed from Nova to Em andamento
#3 Updated by Gabriel Winckler over 11 years ago
Atualizado. Testado com envio direto (via SLURM) e documentação atualizada na WIKI.
A versão mpi com erro, está executando múltiplas simulações.
#4 Updated by Gabriel Winckler over 11 years ago
- Status changed from Em andamento to Resolvida
Resolvido. O problema estavam nos testes, que não estavam incluindo o env module com a última versão.