Suporte #79
Problema com MKL
| Status: | Resolvida | Start date: | 18 Mar 2010 | |
|---|---|---|---|---|
| Priority: | Normal | Due date: | ||
| Assignee: | Gabriel Winckler | % Done: | 100% | |
| Category: | - | Estimated time: | 6.00 hours | |
| Target version: | - |
Description
Obrigado pela resposta Olhei os logs mas não ajudou muito. Pesquisei
o erro na internet mas a orientação para esse erro é contatar o
gerente do sistema.
Os logs estão no diretório:
/home/malvezzi/S1_phi
na "access".
Oi Andre e Gabriel,
O problema esta aqui:
error while loading shared libraries: libiomp5.so: cannot open
shared object file: No such file or directory
Tente fazer uma compilacao estatica. Ou inclua uma copia desta library
nos input files.
Pelo que eu vi esta library e do MKL. Gabriel isto pode ser um problema de instalacao do
compilador Fortran nos nodos?
History
#1 Updated by Gabriel Winckler over 16 years ago
- Status changed from Nova to Resolvida
- % Done changed from 0 to 100
- Estimated time set to 6.00
Esse problema é similar ao encontrado ao se tentar executar o CSH, onde faltam as variáveis LANG e PATH.
O problema ocorre pois o condor ao executar o comando não passa as variáveis de ambiente definidas no profile.
Para resolver o problema estamos utilizando a seguinte configuração no condor.local do nós:
USER_JOB_WRAPPER = /opt/condor/bin/job_wrapper.sh
E /opt/condor/bin/job_wrapper.sh:
#!/bin/bash
source /etc/profile
UNIVERSE=$($(condor_config_val libexec)/condor_chirp get_job_attr JobUniverse 2>/dev/null)
if [ $? == 0 ] && [ $UNIVERSE == 11 ];
then
exec /opt/condor/bin/condor-impi.sh "$@"
else
exec "$@"
fi
Além de resolver esse problema, isso permite a identificação automática de jobs MPI.
Por tanto agora não é mais necessário indicar o script condor-impi.sh em jobs MPI.
A documentação do usuário foi atualizada para indicar esse fato e um email para todos os usuários será enviado.