Suporte #225
Instalação do NAMD
| Status: | Resolvida | Start date: | 18 Nov 2010 | |
|---|---|---|---|---|
| Priority: | Baixa | Due date: | ||
| Assignee: | Gabriel Winckler | % Done: | 0% | |
| Category: | - | |||
| Target version: | - |
Description
de asaraujo:
"Eu gostaria de perguntar algumas coisas referentes ao uso do grid para
simulações de Dinâmica Molecular (DM).
Eu gostaria de usar o NAMD (outro programa free para DM)"
Ney: Como você avalia a demanda desse programa por outros usuários e grupos de pesquisa? Devemos instala-lo globalmente?
History
#1 Updated by Gabriel Winckler almost 16 years ago
- Status changed from Nova to Em andamento
- Assignee changed from Ney Lemke to Gabriel Winckler
- Priority changed from Normal to Baixa
Em conversa com o Ney, ele concorda com a instalação global do software.
#2 Updated by Gabriel Winckler almost 16 years ago
Realizei a instalação da versão 2.7 para sistemas IB no diretório /opt/NAMD/2.7.
Estou realizando alguns testes, utilizando os inputs encontrados em: http://www.psc.edu/general/software/packages/namd/examples/index.php
alanin.go
CASE="alanin" HOSTS=12 QUEUE="short" EXEC="/opt/NAMD/2.7/charmrun" TRANSFER_EXEC=false ARGS="+p $HOSTS ++mpiexec /opt/NAMD/2.7/namd2 $CASE.namd" MPI=true LARGE_FILES=true INPUT="$CASE.namd $CASE.pdb $CASE.psf $CASE.params" OUTPUT="$CASE.coor $CASE.vel $CASE.xsc"
#3 Updated by Gabriel Winckler over 15 years ago
- Status changed from Em andamento to Resolvida
Os testes com o NAMD funcionaram.
Ele foi incorporado ao go.