h1. RAxML


h2. Envio local, exemplos de scripts

Informações sobre o uso direto do cluster local estão em [[SLURM|aqui]].

h3. SMP

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -t 3 -c 8

module load raxml
goo-job-nanny raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -T 8 -p123 -m PROTGAMMAWAG -s raxml-smp.phy -n raxml-smp 

</pre>

h3. MPI

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -t 3:00 -n 16

module load raxml
goo-job-nanny srun -n 16 raxmlHPC-MPI-SSE3 -N 16 -p123 -m PROTGAMMAWAG -s raxml-mpi.phy -n raxml-mpi
</pre>

h2. Submissão Simplificada


{{include(SubmissaoSimplificadaCabecalho)}}

Exemplo:
<pre>
APP=raxml
CASE=node_do_caso
HOSTS=4
QUEUE=short
</pre>

Caso INPUT não seja declarado, o sistema utilizará nome_do_caso.phy.

Caso OUTPUT não seja declarado, o sistema utilizará *nome_do_caso*.

Parâmetros:
* CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. *Padrão:* (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
* HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. *Padrão:* 1
* PPH - Número de cores por servidor. Ativa o modo multi-thread. *Padrão:* 1

*OBS: Alguns testes indicam problemas na execução misturando os modos MPI (HOSTS=) e SMP (PPH=).*

{{include(SubmissaoSimplificadaRodape)}}