Suporte (GridUNESP)

h1. NAMD

h2. Envio local, exemplos de scripts

Informações sobre o uso direto do cluster local estão em [[SLURM|aqui]].

h3. SMP

<pre>

#!/bin/bash

#SBATCH -t 3:00 -c 8

module load namd/2.10

goo-job-nanny namd2 +p4 namd-smp.namd

</pre>

h3. MPI

<pre>

#!/bin/bash

#SBATCH -t 3:00 -n 16

module load namd/2.10-tcp

goo-job-nanny namd_mpi.sh namd-mpi.namd

</pre>

h2. Submissa Simplificada

{{include(SubmissaoSimplificadaCabecalho)}}

Exemplo:

<pre>

APP=NAMD

CASE=nome_do_caso

HOSTS=4

</pre>

Caso INPUT não seja declarado, o sistema utilizará nome_do_caso.namd, nome_do_caso.pdb, nome_do_caso.psf, nome_do_caso.params.

Caso OUTPUT não seja declarado, o sistema utilizará nome_do_caso.coor, nome_do_caso.vel, nome_do_caso.xsc.

{{include(SubmissaoSimplificadaRodape)}}