Suporte (GridUNESP)

h1. ManyCore

h2. Acessando o XeonPhi

A XeonPhi está instalada na máquina (phi01.ncc.unesp.br), para acessar você deve ter uma conta na base LDAP do NCC.

<pre>
$ ssh phi01.ncc.unesp.br
</pre>

Para garantir que um usuário/grupo utilize a XeonPhi por vez, nesta máquina encontra-se instalado o gerenciador de recursos, "SLURM":https://computing.llnl.gov/linux/slurm/slurm.html. Então toda vez que quiser utilizar o XeonPhi, você deve entrar na fila de espera para utilização. Utilize o comando abaixo para obter uma shell interativa:

<pre>
$ srun --pty --gres=mic bash -i
</pre>

Ao sair da shell automaticamente você liberará o recurso para outros utilizarem. Sua shell será finalizada após *1 hora*, você pode alterar esse valor com o parametro walltime para o tempo máximo de utilização de 24 horas.

Para executar um script não interativo, e com tempo máximo de execução de *2 horas*, execute:

<pre>
$ srun --gres=mic -t 2:00:00 /home/user/script.sh
</pre>

Para alocar *2 placas*, use:
<pre>
$ srun --gres=mic:2 /home/user/script.sh
</pre>

Para ver a fila atual, execute:

<pre>
$ squeue
</pre>

Desta forma você estará na máquina que possui o XeonPhi instalado, para fazer ssh para a própria XeonPhi, execute:

<pre>
$ ssh root@$(get_mics -1)
</pre>

h2. Compilação

No diretório _/opt/ncc_demo/_ existe o arquivo _hello-openmp.c_. Copie para o seu diretório.

h3. Compilação OpenMP

<pre>
# compilacao
icc -mmic -openmp hello-openmp.c -o hello-openmp

# copie o ambiente para o xeon phi
/opt/ncc-demo/copy-openmp-env.sh
</pre>

h3. Execução interativa

<pre>
# aloque o recurso
srun --pty --gres=mic bash -i

MIC=$(get_mics -1)

# copie o seu executável
scp hello-openmp root@$MIC:

# acesse o xeon phi
ssh root@$MIC

# execute sua aplicação
./hello-openmp

# termine a sessão (2x)
exit # ssh da MIC
exit # srun iterativo
</pre>

h3. Execução em fila

Alternativamente, para enviar o processo como job batch, prepare um arquivo (hello-openmp.sh):
<pre>
#!/bin/bash
MIC=$(get_mics -1)
scp hello-openmp root@$MIC:
ssh root@$MIC /root/hello-openmp
</pre>

e envie para a fila
<pre>
chmod +x hello-openmp.sh
srun --gres=mic hello-openmp.sh
</pre>

h2. MPI

Exemplo de compilação e execução MPI:

<pre>
. /opt/intel/impi/4.1.0/bin64/mpivars.sh

cp /opt/ncc-demo/hello-mpi.c
mpiicc -mmic hello-mpi.c -o hello-mpi

/opt/ncc-demo/copy-impi-env.sh

srun --pty --gres=mic bash -i
MIC=$(get_mics -1)
scp hello-mpi root@$MIC:
ssh root@$MIC
mpiexec -n 240 ./hello-openmp
exit # ssh da MIC
exit # srun iterativo
</pre>

h3. HPL

Para a realização de benchmark foi usado o binário fornecido no pacote da Intel, disponível em
<pre>
/opt/intel/composerxe/mkl/benchmarks/mp_linpack/bin_intel/mic/
</pre>