Gaussian » History » Version 3

Gabriel Winckler, 30 Jun 2016 11:56

1 1 Gabriel Winckler
h1. Gaussian
2 3 Gabriel Winckler
3 3 Gabriel Winckler
h2. Envio local, exemplos de scripts
4 3 Gabriel Winckler
5 3 Gabriel Winckler
Informações sobre o uso direto do cluster local estão em [[SLURM|aqui]].
6 3 Gabriel Winckler
7 3 Gabriel Winckler
h3. SMP
8 3 Gabriel Winckler
9 3 Gabriel Winckler
<pre>
10 3 Gabriel Winckler
#!/bin/bash
11 3 Gabriel Winckler
#SBATCH -t 5:00 -c 8
12 3 Gabriel Winckler
13 3 Gabriel Winckler
module load gaussian
14 3 Gabriel Winckler
goo-job-nanny g09 gaussian-smp.com
15 3 Gabriel Winckler
</pre>
16 3 Gabriel Winckler
17 3 Gabriel Winckler
h3. Linda (paralelo multi nós)
18 3 Gabriel Winckler
19 3 Gabriel Winckler
<pre>
20 3 Gabriel Winckler
#!/bin/bash
21 3 Gabriel Winckler
#SBATCH -n 16 -t 5
22 3 Gabriel Winckler
23 3 Gabriel Winckler
module load gaussian
24 3 Gabriel Winckler
. linda_set_env
25 3 Gabriel Winckler
goo-job-nanny g09 gaussian-linda.com
26 3 Gabriel Winckler
</pre>
27 3 Gabriel Winckler
28 3 Gabriel Winckler
29 3 Gabriel Winckler
h2. Submissa Simplificada
30 3 Gabriel Winckler
31 3 Gabriel Winckler
{{include(SubmissaoSimplificadaCabecalho)}}
32 1 Gabriel Winckler
33 1 Gabriel Winckler
Exemplo:
34 1 Gabriel Winckler
<pre>
35 1 Gabriel Winckler
APP=gaussian
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CASE=caso
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HOSTS=4
38 1 Gabriel Winckler
</pre>
39 1 Gabriel Winckler
40 1 Gabriel Winckler
Essa submissão espera o arquivo de entrada "caso.com". O arquivo .log será atualizado a cada 15 minutos. O checkpoint .chk será copiado a cada 3 horas.
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42 1 Gabriel Winckler
*Lembre de ativar os check points no arquivo do Gaussian com a linha "%chk=caso.chk"*
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44 1 Gabriel Winckler
Mais informações sobre checkpoints: http://help.unc.edu/4520
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46 1 Gabriel Winckler
Parâmetros:
47 2 Gabriel Winckler
* CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. *Padrão:* (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
48 2 Gabriel Winckler
* HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. *Padrão:* 1
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50 1 Gabriel Winckler
{{include(SubmissaoSimplificadaRodape)}}