h1. Artigos

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Publicações de pesquisadores e seus grupos que utilizaram recursos computacionais do GridUNESP


h2. Modelagem e Simulação Computacional Aplicada ao Desenvolvimento de Novos Materiais

h3. "Aguinaldo Robinson de Souza":mailto:arobinso@fc.unesp.br

** L. G. M. de Macedo and A. R. de Souza, _Fully Relativistic 4-Components DFT Investigation on Bonding and Dissociation Energy of !HgO_, Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, *8*, 38-42 (2011). 

** M. C. Gomes , D. M. G. Leite , J. R. Sambrano , J.H. D. da Silva and A. R. de Souza, _Thermodynamic and electronic study of Ga1-xMnxN Films. A theoretical study_. Surface Science, p. 1440 (2011).

** N. L. Marana , J. Sambrano and A. R. de Souza, _Propriedades eletrônicas, estruturais e constantes elásticas do !ZnO_. Química Nova (Impresso), *33*, p. 810-815 ( 2010)

** M. C. Gomes-Maluf , J. H. Silva , S. R. Q. A. Zuliani , J. R. Sambrano and A. R. de Souza . _Cálculos ab initio do semicondutor magnético diluído !GaMnN: elaboração do modelo da supercelula_. In: 33 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2010, Águas de Lindóia/SP. Reunião Anual da SBQ, 2010.

** P. M. Silva , A. R. de Souza and J. R. Sambrano, _Estudos de nós em proteinas com topologia 31_. In: 33 RASBQ, 2010, Águas de Lindóia. 33 RASBQ, 2010.

** A. L. F. Canova and A. R. de Souza, _Estudo do espaço ativo do elemento gálio_. In: 33 RASBQ, 2010, Águas de Lindóia. 33 RASBQ, 2010.

** A. L. F. Canova , J. Sambrano and A. R. de Souza, _MCHF methodology applied to material science_. In: IX Encontro da SBPMat, 2010, Ouro Preto/MG. IX Encontro da SBPMat, 2010.

** A. R. de Souza and J. R. Sambrano , _GridUNESP: The Emergence of a Virtual Organization. 11th International Conference on Advanced Materials_ , VIII Encontro SBPMat, (2009)

** A. R. de Souza et al., IX Brazilian MRS Meeting (SBPMat, 2010).

** N. H. Nicoleti, _Modelagem Computacional de Óxidos da Família das Perovskitas_. Tese de Doutoramento, Programa de Pós Graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais Advisor: J. R. Sambrano, Unesp, Bauru, (2011)

** A.C. Gigante, , D.J.C. Gomes, L.S. Lima, F.J. Caires, O. Treu-Filho, M. Ionashiro, Synthesis, thermal properties and spectroscopic study of solid mandelate of light trivalent lanthanides, Thermochimica Acta, 2012

** F. J. Caires, L. S. Lima, C. T. Carvalho, A. B. Siqueira, Oswaldo Treu-Filho and M. Ionashiro,Thermal and spectroscopic data to investigate the oxamic acid, sodium oxamate and its compounds with some bivalent transition metal ions

** F. J. Caires, L. S. Lima , D. J. C. Gomes, A. C. Gigante, O. Treu-Filho, M. Ionashiro, Thermal and spectroscopic studies of solid oxamate of light trivalent lanthanides

** D. A. Galico, B. B. Holanda, G. L. Perpetuo, E. Schnitzler, O. Treu-Filho, G. Bannach, Thermal and spectroscopic studies on solid Ketoprofen of lighter trivalent lanthanides

h2. Estudo numérico de sistemas de elétrons fortemente correlacionados em baixa dimensionalidade* 

h3. "André Luiz Malvezzi":mailto:malvezzi@fc.unesp.br 

   * nenhuma

h2. Simulações Numéricas em Cromodinâmica Quântica 

h3. "Gastão Krein":mailto:gkrein@ift.unesp.br

** R. R. Leme, Dissertacao de Mestrado: _Teoria quântica do campo escalar real com autoacoplamento quártico – simulações de Monte Carlo na rede com um algoritmo worm_

** R. R. Leme, _Poster apreentado no Encontro de Fisica 2011_ , Foz do Iguacu, 5 a 10 de junho de 2011 "Simulation of the lattice phi**4 quantum-field theory with the worm algorithm"

** R. R. Leme, _Teoria quântica do campo escalar real com autoacoplamento quártico – simulações de Monte Carlo na rede com um algoritmo worm_ , UNESP - Universidade Estadual Paulista.

** F. Attanasio, _Optimized strong coupling expansion - phi**4 theory_. Dissertacao de mestrado (em andamento)

h2. Filogenia molecular, genomica e metagenomica em algumas formigas attini* 

h3. "Maurício Bacci Júnior":mailto:mbacci@rc.unesp.br

   * nenhuma

h2. Biofísica Computacional

** P. R. Costa, M. L. Acencio and N. Lemke, _A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data_. BMC Genomics, *11*, p. S9, (2010)

** M. L. Acencio and N. Lemke, _Construction and analysis of an integrated network of human genes involved in G1/S cell cycle transition regulation by anchorage to extracellular matrix_. In: XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011. Livro de Resumos do XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011.

** M. L. Acencio, _Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular_. PhD Thesis. UNESP - Univ Estadual Paulista.

** F. F. Matioli et al, _Molecular dynamics simulations of docking complexes between a P-I metaloprotease from Bothrops neuwiedi venom and the inhibitor ester triacontil p-coumarate using a computational grid infrastructure_. In: XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011. Livro de Resumos do XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011.

** Marcio L Acencio and Ney Lemke;Towards the prediction of essential genes by integration of network toTowards the prediction of essential genes by integration of network topology, cellular localization and biological process information

** Lemke, N. and Campbell, Ian A., Stretched-exponential behavior and random walks on diluted hypercubic lattices

h2. Dinâmica de Vórtices em Supercondutores* 

h3. "Pablo Venegas":mailto:venegas@fc.unesp.br

** F. A. Garcia, P. A. Venegas, P. G. Pagliuso, C. Rettori, Z. Fisk, P. Schlottmann, and S. B. Oseroff, Thermally activated exchange narrowing of the Gd3+ ESR fine structure in a single crystal of Ce1-xGdxFe4P12 (x≈0.001) skutterudite

h2. Modelagem termo-cinemática da plataforma sulamericana, sudeste do Brasil: traço de fissão em apatita, zircão e termocronologia (u-th)/he em apatita* 

h3. "Christian Hackspacher":mailto:phack@rc.unesp.br

   * nenhuma

h2. Caos, aceleração de Fermi e Transições de fase em sistemas dinâmicos*

** Edson D. Leonel1 , Carl P. Dettmann, Recurrence of particles in static and time varying oval billiards , Physics Letters A, 2012

** E. D. Leonel, Diego F M Oliveira _Parameter-space for a dissipative Fermi-Ulam model_. Physical Review E. 2011

** Edson D. Leonel, Diogo R. da Costa, Carl P. Dettmann, Scaling invariance for the escape of particles from a periodically corrugated waveguide

** D. F. T. de Sousa , R. N. C. Filho and E. D. Leonel, _A dissipative Fermi Ulam model with two nonlinearities: boundary crisis and the parameter-space_. Journal of Physics A. 

** Diego F.M. Oliveira, Marko Robnik, Edson D. Leonel, Statistical properties of a dissipative kicked system: Critical exponents and scaling invariance

** Diego F. M. Oliveira, Marko Robnik, and Edson D. Leonel, Shrimp-shape domains in a dissipative kicked rotator


h2. Estrutura eletrônica de materiais

 * nenhuma

h2. Iniciação científica:

** R. M. Ferreira (Fapesp), projeto _Complexos supramoleculares de precursores de materiais óxidos avançados_.

** L. C. D. Aguiar (PIC-DF), projeto _Estrutura eletrônica de materiais: nanopartículas de nitreto de gálio dopadas com manganês_.

h2. Estudo dos processos de fotodissociação e reatividade do polímero orgânico conjugado meh-ppv em solução sob radiação ionizante* 

** A. Batagin-Neto, E. Bronze-Uhle, D. Fernandes, I. Fratoddi, I. Venditti, F. Decker, E. Bodo, M. V. Russo and C. Graeff, _Optical Behavior of Conjugated Pt-Containing Polymetallaynes Exposed to Gamma-Ray Radiation Doses_ . The Journal of Physical Chemistry.  Manuscript ID: jp-2011-00831z.R1 

** E. S. Bronze-Uhle, A. Batagin-Neto, F. C. Lavarda, and C. F. O. Graeff, Ionizing radiation induced degradation of poly (2-methoxy-5-(2’-ethyl-hexyloxy) -1,4-phenylene vinylene) in solution

h2. Física Experimental de Altas Energias* 

h3. "Sérgio Ferraz Novaes":mailto:novaes@cern.ch 

* nenhuma

h2. Implementação e otimização de algoritmos de alinhamentos múltiplos de sequências em ambientes “Grid”* 

h3. "José Márcio Machado":mailto:jmarcio@ibilce.unesp.br

 * nenhuma

h2. Estudo Químico Quântico dos 1,4-bis(3-carbóxi-3-oxo-prop-1-enil)benzeno de lantânio (iii), lantanídeos  (iii) e ítrio (iii) no Estado Sólido* 

h3. "Massao Ionashiro":mailto:massaoi@iq.unesp.br

 * nenhuma

h2. Estudo Teórico de Compostos de Coordenação com Aplicações na Química Biológica e Supramolecular* 

h3. "Adelino Vieira de Godoy Netto":mailto:adelino@iq.unesp.br

 * nenhuma

h2. Detecção de eventos por mineração de dados paralelizada em fluxos de rede IPFIX* 

h3. "Adriano Mauro Cansian":mailto:adriano@acmesecurity.org
  
   * nenhuma

h2. Análise da interação de peptídeos antimicrobianos da família dos mastoparanos com sistemas mimeticos de membranas biológicas: estudos usando simulação computacional por dinâmica molecular* 

h3. "José Roberto Ruggiero":mailto:profzelao@yahoo.com.br

 * nenhuma

h2. Decomposição por Matching Pursuit do Sinal de EEG em Apnéia do Sono* 

h3. "Ney Lemke":mailto:lemke@ibb.unesp.br

 * nenhuma

h2. Estimativas de energia livre de ligação de complexos proteína-ligante* 

h3. "Jorge Chahine":mailto:chahine@ibilce.unesp.br

 * nenhuma

h2. Estudos computacionais em proteínas* 

h3. "Vitor Barbanti Pereira Leite":mailto:vleite@sjrp.unesp.br

 * nenhuma

h2. Estrutura eletrônica de materiais* 

h3. "Francisco Carlos Lavarda":mailto:lavarda@fc.unesp.br

h2. Iniciação científica:

   * R. M. Ferreira (Fapesp), projeto _Complexos supramoleculares de precursores de materiais óxidos avançados_.

   * L. C. D. Aguiar (PIC-DF), projeto _Estrutura eletrônica de materiais: nanopartículas de nitreto de gálio dopadas com manganês_.


h2. Estudo dos processos de fotodissociação e reatividade do polímero orgânico conjugado meh-ppv em solução sob radiação ionizante* 

h3. "Carlos Frederico de Oliveira Graeff":mailto:graeff@fc.unesp.br

   * A. Batagin-Neto, E. Bronze-Uhle, D. Fernandes, I. Fratoddi, I. Venditti, F. Decker, E. Bodo, M. V. Russo and C. Graeff, _Optical Behavior of Conjugated Pt-Containing Polymetallaynes Exposed to Gamma-Ray Radiation Doses_ . The Journal of Physical Chemistry.  Manuscript ID: jp-2011-00831z.R1 

h2. Simulações, Análise de Dados e Estimativa de Parâmetros para o “Dark Energy Survey”* 

h3. "Rogerio Ronsenfeld":mailto:rosenfel@ift.unesp.br
 
   * nenhuma 

h2. Controle geodésico do processo de deformação do Sistema Terrestre - estudo de caso da rede SIRGAS-CON-D* 

h3. "João Carlos Chaves":mailto:jcchaves@fct.unesp.br

   * nenhuma

h2. Climatologia de precipitação no Estado de São Paulo Baseada em 15 Anos de Dados dos Radares do IPMet* 

h3. "Ana Maria Gomes":mailto:ana@ipmet.unesp.br

   * nenhuma

h2. Interações Multi-Escala na Atmosfera*  

h3. "Carlos Frederico Mendonça Raupp":mailto:raupp@ift.unesp.br

 * nenhuma

h2. Estudo teórico das reações de hidrogênio e monóxido de carbono sobre fases intermetálicas*

h3. "Antonio Carlos Dias Ângelo":mailto:acangelo@fc.unesp.br

   * nenhuma

h2. Métodos Analíticos e Numéricos em Mecânica Computacional

** D. Kinoshita and J.L. Gasche, _Influence of the evaporator position in static domestic refrigerators_, International Congress of Refrigeration, Praga, 21 a 28/08/2011.

** F. Barbi, J.L. Gasche and T. Andreotti, _Numerical Simulation of the Flow Thorugh a Compressor Valve Model Using Immersed Boundary Method and Adaptative Mesh Refinement_ , COBEM 2011.

** Franco Barbi, Iara de Souza Barbosa, José Luiz Gasche and Sergio Said Mansur, _Simulação numérica do escoamento oscilatório em um difusor radial com alimentação axial_, Anais da EPTT 2010, VII Escola de Primavera de Transição e Turbulência , 27 de setembro a 01 de outubro de 2010, Ilha Solteira – SP, Brasil

** D. Kinoshita, _Simulação Numérica da Convecção Natural no Interior de um Refrigerador Doméstico_ , Dissertação de mestrado, abril 2011.

** T. Andreotti, _Interação Fluido-estrutura no Escoamento em Válvulas de Compressores_. Dissertação de mestrado (em andamento)

** F. Barbi, _Simulação Numérica do Escoamento e Válvulas de Compressores Usando o Método da Fronteira Imersa_. Dissertação de mestrado (em andamento)

h2. Núcleo de Computação Científica
  
** R. L. Iope, _Estratégias de controle dinâmico de caminhos ópticos em redes fotônicas WDM utilizando inteligência de enxame_. PhD Thesis. USP - Escola Politécnica - Departamento de Engenharia de Computação e Sistemas Digitais (2011)

** R. L. Iope, in Proceedings of the Second EELA-2 Conference, eds. R. Mayo et al (CIEMAT 2009), p. 257.

** R. L. Iope, N. Lemke, G. A. von Winckler, GridUNESP: a multi-campus Grid infrastructure for scientific computing, in Proceedings of the 3rd Latin American Conference on High Performance Computing (CLCAR 2010), 25-28 August 2010, Gramado, pp. 76-84.


h2. Sistemas quânticos de poucos corpos em Física atômica, nuclear e partículas* 

h3. "Lauro Tomio":mailto:tomio@ift.unesp.br

 * nenhuma

h2. Simulação químico quântica dos espectros de dicroísmo circular eletrônico e vibracional de produtos naturais* 

h3. "Maysa Furlan":mailto:maysaf@reitoria.unesp.br

** Lidiane G. Felippe, João M. Batista Jr., Debora C. Baldoqui, Isabele R. Nascimento, Massuo J. Kato, Vanderlan S. Bolzani, Maysa Furlan, Structure and absolute configuration of a secolignan from Peperomia blanda, Phytochemistry Letters, p. 245-249, 2011

h2. Especiação de anfíbios anuros em ambientes de altitude*

h3. "Célio Fernando Baptista Haddad":mailto:haddad1000@gmail.com
   
  * nenhuma

h2. Estudo da Interação de Anestésicos Locais com Biomembranas*

h3. "Leonardo Fernandes Fraceto":mailto:leonardo@sorocaba.unesp.br

 * nenhuma

h2. Aplicações de Química Quântica Computacional no Estudo de Produtos Naturais* 

h3. "Marinônio Lopes Cornélio":mailto:mariol.cornelio@gmail.com
  
   * nenhuma