Suporte (GridUNESP)

h1. Artigos

(CLEANUP)

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Publicações de pesquisadores e seus grupos que utilizaram recursos computacionais do GridUNESP

h2. Modelagem e Simulação Computacional Aplicada ao Desenvolvimento de Novos Materiais
Aguinaldo Robinson de Souza arobinso@fc.unesp.br

** L. G. M. de Macedo and A. R. de Souza, _Fully Relativistic 4-Components DFT Investigation on Bonding and Dissociation Energy of !HgO_, Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, *8*, 38-42 (2011).

** M. C. Gomes , D. M. G. Leite , J. R. Sambrano , J.H. D. da Silva and A. R. de Souza, _Thermodynamic and electronic study of Ga1-xMnxN Films. A theoretical study_. Surface Science, p. 1440 (2011).

** N. L. Marana , J. Sambrano and A. R. de Souza, _Propriedades eletrônicas, estruturais e constantes elásticas do !ZnO_. Química Nova (Impresso), *33*, p. 810-815 ( 2010)

** M. C. Gomes-Maluf , J. H. Silva , S. R. Q. A. Zuliani , J. R. Sambrano and A. R. de Souza . _Cálculos ab initio do semicondutor magnético diluído !GaMnN: elaboração do modelo da supercelula_. In: 33 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2010, Águas de Lindóia/SP. Reunião Anual da SBQ, 2010.

** P. M. Silva , A. R. de Souza and J. R. Sambrano, _Estudos de nós em proteinas com topologia 31_. In: 33 RASBQ, 2010, Águas de Lindóia. 33 RASBQ, 2010.

** A. L. F. Canova and A. R. de Souza, _Estudo do espaço ativo do elemento gálio_. In: 33 RASBQ, 2010, Águas de Lindóia. 33 RASBQ, 2010.

** A. L. F. Canova , J. Sambrano and A. R. de Souza, _MCHF methodology applied to material science_. In: IX Encontro da SBPMat, 2010, Ouro Preto/MG. IX Encontro da SBPMat, 2010.

** A. R. de Souza and J. R. Sambrano , _GridUNESP: The Emergence of a Virtual Organization. 11th International Conference on Advanced Materials_ , VIII Encontro SBPMat, (2009)

** A. R. de Souza et al., IX Brazilian MRS Meeting (SBPMat, 2010).

** N. H. Nicoleti, _Modelagem Computacional de Óxidos da Família das Perovskitas_. Tese de Doutoramento, Programa de Pós Graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais Advisor: J. R. Sambrano, Unesp, Bauru, (2011)

** F. J. Caires, L. S. Lima, C. T. Carvalho, A. B. Siqueira, Oswaldo Treu-Filho and M. Ionashiro,Thermal and spectroscopic data to investigate the oxamic acid, sodium oxamate and its compounds with some bivalent transition metal ions

** D. A. Galico, B. B. Holanda, G. L. Perpetuo, E. Schnitzler, O. Treu-Filho, G. Bannach, Thermal and spectroscopic studies on solid Ketoprofen of lighter trivalent lanthanides

h2. Estudo numérico de sistemas de elétrons fortemente correlacionados em baixa dimensionalidade* ([[mailto: malvezzi@fc.unesp.br][André Luiz Malvezzi]])

* nenhuma

h2. Simulações Numéricas em Cromodinâmica Quântica ([[mailto: gkrein@ift.unesp.br][Gastão Krein]])

** R. R. Leme, Dissertacao de Mestrado: _Teoria quântica do campo escalar real com autoacoplamento quártico – simulações de Monte Carlo na rede com um algoritmo worm_

** R. R. Leme, _Poster apreentado no Encontro de Fisica 2011_ , Foz do Iguacu, 5 a 10 de junho de 2011 "Simulation of the lattice phi**4 quantum-field theory with the worm algorithm"

** R. R. Leme, _Teoria quântica do campo escalar real com autoacoplamento quártico – simulações de Monte Carlo na rede com um algoritmo worm_ , UNESP - Universidade Estadual Paulista.

** F. Attanasio, _Optimized strong coupling expansion - phi**4 theory_. Dissertacao de mestrado (em andamento)

h2. Filogenia molecular, genomica e metagenomica em algumas formigas attini* ([[mailto: mbacci@rc.unesp.br][Maurício Bacci Júnior]])

* nenhuma

h2. Biofísica Computacional

** P. R. Costa, M. L. Acencio and N. Lemke, _A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data_. BMC Genomics, *11*, p. S9, (2010)

** M. L. Acencio and N. Lemke, _Construction and analysis of an integrated network of human genes involved in G1/S cell cycle transition regulation by anchorage to extracellular matrix_. In: XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011. Livro de Resumos do XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011.

** M. L. Acencio, _Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular_. PhD Thesis. UNESP - Univ Estadual Paulista.

** F. F. Matioli et al, _Molecular dynamics simulations of docking complexes between a P-I metaloprotease from Bothrops neuwiedi venom and the inhibitor ester triacontil p-coumarate using a computational grid infrastructure_. In: XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011. Livro de Resumos do XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011.

** Marcio L Acencio and Ney Lemke;Towards the prediction of essential genes by integration of network toTowards the prediction of essential genes by integration of network topology, cellular localization and biological process information

** Lemke, N. and Campbell, Ian A., Stretched-exponential behavior and random walks on diluted hypercubic lattices

h2. Dinâmica de Vórtices em Supercondutores* ([[mailto: venegas@fc.unesp.br][Pablo Venegas]])

* nenhuma

h2. Modelagem termo-cinemática da plataforma sulamericana, sudeste do Brasil: traço de fissão em apatita, zircão e termocronologia (u-th)/he em apatita* ([[mailto: phack@rc.unesp.br ][Christian Hackspacher]])

* nenhuma

h2. Caos, aceleração de Fermi e Transições de fase em sistemas dinâmicos*

** E. D. Leonel,Diego F M Oliveira _Parameter-space for a dissipative Fermi-Ulam model_. Physical Review E.

** Edson D. Leonel, Diogo R. da Costa, Carl P. Dettmann, Scaling invariance for the escape of particles from a periodically corrugated waveguide

** D. F. T. de Sousa , R. N. C. Filho and E. D. Leonel, _A dissipative Fermi Ulam model with two nonlinearities: boundary crisis and the parameter-space_. Journal of Physics A.

** Diego F.M. Oliveira, Marko Robnik, Edson D. Leonel, Statistical properties of a dissipative kicked system: Critical exponents and scaling invariance

** Diego F. M. Oliveira, Marko Robnik, and Edson D. Leonel, Shrimp-shape domains in a dissipative kicked rotator

h2. Estrutura eletrônica de materiais

* nenhuma

h2. Iniciação científica:

** R. M. Ferreira (Fapesp), projeto _Complexos supramoleculares de precursores de materiais óxidos avançados_.

** L. C. D. Aguiar (PIC-DF), projeto _Estrutura eletrônica de materiais: nanopartículas de nitreto de gálio dopadas com manganês_.

h2. Estudo dos processos de fotodissociação e reatividade do polímero orgânico conjugado meh-ppv em solução sob radiação ionizante*

** A. Batagin-Neto, E. Bronze-Uhle, D. Fernandes, I. Fratoddi, I. Venditti, F. Decker, E. Bodo, M. V. Russo and C. Graeff, _Optical Behavior of Conjugated Pt-Containing Polymetallaynes Exposed to Gamma-Ray Radiation Doses_ . The Journal of Physical Chemistry. Manuscript ID: jp-2011-00831z.R1

** E. S. Bronze-Uhle, A. Batagin-Neto, F. C. Lavarda, and C. F. O. Graeff, Ionizing radiation induced degradation of poly (2-methoxy-5-(2’-ethyl-hexyloxy) -1,4-phenylene vinylene) in solution

h2. Física Experimental de Altas Energias* ([[mailto: novaes@cern.ch ][Sérgio Ferraz Novaes]])

* nenhuma

h2. Implementação e otimização de algoritmos de alinhamentos múltiplos de sequências em ambientes “Grid”* ([[mailto: jmarcio@ibilce.unesp.br][José Márcio Machado]])

* nenhuma

h2. Estudo Químico Quântico dos 1,4-bis(3-carbóxi-3-oxo-prop-1-enil)benzeno de lantânio (iii), lantanídeos (iii) e ítrio (iii) no Estado Sólido* ([[mailto: massaoi@iq.unesp.br][Massao Ionashiro]])

* nenhuma

h2. Estudo Teórico de Compostos de Coordenação com Aplicações na Química Biológica e Supramolecular* ([[mailto: adelino@iq.unesp.br ][Adelino Vieira de Godoy Netto]])

* nenhuma

h2. Detecção de eventos por mineração de dados paralelizada em fluxos de rede IPFIX* ([[mailto: adriano@acmesecurity.org][Adriano Mauro Cansian]])

* nenhuma

h2. Análise da interação de peptídeos antimicrobianos da família dos mastoparanos com sistemas mimeticos de membranas biológicas: estudos usando simulação computacional por dinâmica molecular* ([[mailto: profzelao@yahoo.com.br ][José Roberto Ruggiero]])

* nenhuma

h2. Decomposição por Matching Pursuit do Sinal de EEG em Apnéia do Sono* ([[mailto: lemke@ibb.unesp.br][Ney Lemke]])

* nenhuma

h2. Estimativas de energia livre de ligação de complexos proteína-ligante* ([[mailto: chahine@ibilce.unesp.br ][Jorge Chahine]])

* nenhuma

h2. Estudos computacionais em proteínas* ([[mailto: vleite@sjrp.unesp.br ][Vitor Barbanti Pereira Leite]])

* nenhuma

h2. Estrutura eletrônica de materiais* ([[mailto: lavarda@fc.unesp.br ][Francisco Carlos Lavarda]])

h2. Iniciação científica:

* R. M. Ferreira (Fapesp), projeto _Complexos supramoleculares de precursores de materiais óxidos avançados_.

* L. C. D. Aguiar (PIC-DF), projeto _Estrutura eletrônica de materiais: nanopartículas de nitreto de gálio dopadas com manganês_.

h2. Estudo dos processos de fotodissociação e reatividade do polímero orgânico conjugado meh-ppv em solução sob radiação ionizante* ([[mailto: graeff@fc.unesp.br ][Carlos Frederico de Oliveira Graeff]])

* A. Batagin-Neto, E. Bronze-Uhle, D. Fernandes, I. Fratoddi, I. Venditti, F. Decker, E. Bodo, M. V. Russo and C. Graeff, _Optical Behavior of Conjugated Pt-Containing Polymetallaynes Exposed to Gamma-Ray Radiation Doses_ . The Journal of Physical Chemistry.  Manuscript ID: jp-2011-00831z.R1

h2. Simulações, Análise de Dados e Estimativa de Parâmetros para o “Dark Energy Survey”* ([[mailto: rosenfel@ift.unesp.br][Rogerio Ronsenfeld]])

* nenhuma

h2. Controle geodésico do processo de deformação do Sistema Terrestre - estudo de caso da rede SIRGAS-CON-D* ([[mailto: jcchaves@fct.unesp.br ][João Carlos Chaves]])

* nenhuma

h2. Climatologia de precipitação no Estado de São Paulo Baseada em 15 Anos de Dados dos Radares do IPMet* ([[mailto: ana@ipmet.unesp.br][Ana Maria Gomes]])

* nenhuma

h2. Interações Multi-Escala na Atmosfera* ([[mailto: raupp@ift.unesp.br][Carlos Frederico Mendonça Raupp]])

* nenhuma

h2. Estudo teórico das reações de hidrogênio e monóxido de carbono sobre fases intermetálicas* ([[mailto: acangelo@fc.unesp.br][Antonio Carlos Dias Ângelo ]])

* nenhuma

h2. Métodos Analíticos e Numéricos em Mecânica Computacional

** D. Kinoshita and J.L. Gasche, _Influence of the evaporator position in static domestic refrigerators_, International Congress of Refrigeration, Praga, 21 a 28/08/2011.

** F. Barbi, J.L. Gasche and T. Andreotti, _Numerical Simulation of the Flow Thorugh a Compressor Valve Model Using Immersed Boundary Method and Adaptative Mesh Refinement_ , COBEM 2011.

** Franco Barbi, Iara de Souza Barbosa, José Luiz Gasche and Sergio Said Mansur, _Simulação numérica do escoamento oscilatório em um difusor radial com alimentação axial_, Anais da EPTT 2010, VII Escola de Primavera de Transição e Turbulência , 27 de setembro a 01 de outubro de 2010, Ilha Solteira – SP, Brasil

** D. Kinoshita, _Simulação Numérica da Convecção Natural no Interior de um Refrigerador Doméstico_ , Dissertação de mestrado, abril 2011.

** T. Andreotti, _Interação Fluido-estrutura no Escoamento em Válvulas de Compressores_. Dissertação de mestrado (em andamento)

** F. Barbi, _Simulação Numérica do Escoamento e Válvulas de Compressores Usando o Método da Fronteira Imersa_. Dissertação de mestrado (em andamento)

h2. Núcleo de Computação Científica

** R. L. Iope, _Estratégias de controle dinâmico de caminhos ópticos em redes fotônicas WDM utilizando inteligência de enxame_. PhD Thesis. USP - Escola Politécnica - Departamento de Engenharia de Computação e Sistemas Digitais (2011)

** R. L. Iope, in Proceedings of the Second EELA-2 Conference, eds. R. Mayo et al (CIEMAT 2009), p. 257.

** R. L. Iope, N. Lemke, G. A. von Winckler, GridUNESP: a multi-campus Grid infrastructure for scientific computing, in Proceedings of the 3rd Latin American Conference on High Performance Computing (CLCAR 2010), 25-28 August 2010, Gramado, pp. 76-84.

h2. Sistemas quânticos de poucos corpos em Física atômica, nuclear e partículas* ([[mailto: tomio@ift.unesp.br][Lauro Tomio]])

* nenhuma

h2. Simulação químico quântica dos espectros de dicroísmo circular eletrônico e vibracional de produtos naturais* ([[mailto: maysaf@reitoria.unesp.br][Maysa Furlan]])

* nenhuma

h2. Especiação de anfíbios anuros em ambientes de altitude* ([[mailto: haddad1000@gmail.com ][Célio Fernando Baptista Haddad]])

* nenhuma

h2. Estudo da Interação de Anestésicos Locais com Biomembranas* ([[mailto: leonardo@sorocaba.unesp.br ][Leonardo Fernandes Fraceto]])

* nenhuma

h2. Aplicações de Química Quântica Computacional no Estudo de Produtos Naturais* ([[mailto:mariol.cornelio@gmail.com ][Marinônio Lopes Cornélio]])

* nenhuma

h2. A definir

** Lidiane G. Felippea, João M. Batista Jr.a, Debora C. Baldoquib, Isabele R. Nascimentoa, Massuo J. Katoc, Vanderlan S. Bolzania, Maysa Furlana, Structure and absolute configuration of a secolignan from Peperomia blanda

** F. A. Garcia, P. A. Venegas, P. G. Pagliuso, C. Rettori, Z. Fisk, P. Schlottmann, and S. B. Oseroff, Thermally activated exchange narrowing of the Gd3+ ESR fine structure in a single crystal of Ce1-xGdxFe4P12 (x≈0.001) skutterudite

** R. P. Simões, P. A. Venegas and D. F. Mello, Role of Interstitial Pinning in the Dynamical Phases of Vortices in Superconducting Films